Оригинальное исследование Ингибиторы серин-треониновых протеинкиназ классов аминопиридинов и аминопиримидинов — кандидаты в препараты для лечения лекарственно-устойчивых форм туберкулеза
Д. А. Маслов, О. Б. Беккер, М. Г. Алексеева, Л. М. Князева, Д. А. Мавлетова, И. И. Афанасьев, Н. И. Василевич, В. Н. Даниленко
Туберкулез — самая смертоносная бактериальная инфекция из известных человеку, при этом ее лечение осложнено появлением и быстрым распространением штаммов возбудителя, Mycobacterium tuberculosis, с множественной и широкой лекарственной устойчивостью (МЛУ и ШЛУ). В результате главным требованием к разрабатываемым противотуберкулезным препаратам является использование новых классов химических соединений, поражающих новые биомишени. Серин-треониновые протеинкиназы (СТПК) — перспективные мишени, а аминопиридины и аминопиримидины, ранее не применявшиеся в качестве противотуберкулезных препаратов, имеют предсказанную активность в отношении СТПК. В данной работе в тест-системе Mycobacterium smegmatis aphVIII+, предназначенной для отбора ингибиторов СТПК на клеточном уровне, был проведен скрининг 192 соединений двух указанных классов. Сначала отобрали 53 соединения с субингибирующей концентрацией до 100 нмоль/диск. Из них 22 соединения проявили активность в тест-системе как ингибиторы СТПК, которая была подтверждена in vitro на белке PknA M. tuberculosis (наивысшее значение показателя ингибирования — 26,9 ± 6,1 %). Также отобранные соединения тестировали на токсичность in vitro на клетках фибробластов эмбриона человека с использованием МТТ-теста. В результате для дальнейших исследований в качестве новых препаратов для борьбы с МЛУ-туберкулезом были отобраны 3 ингибитора СТПК с относительно высокой активностью и относительно низкой токсичностью.
Статья получена: 30.01.2017
Опубликовано online: 13.03.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2017-01-04
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 8710
Оригинальное исследование Полиморфизм гена dtxR у современных штаммов Сorynebacterium diphtheriae
И. А. Чагина, Ю. С. Переварова, В. В. Переваров, А. В. Чаплин, О. Ю. Борисова, Л. И. Кафарская, С. С. Афанасьев, В. А. Алешкин
Считается, что патогенез Corynebacterium diphtheriae основан на воздействии дифтерийного токсина на синтез белка в клетках человека. Регуляция синтеза токсина находится под контролем белка DtxR. Данный белок осуществляет железоопосредованную репрессию гена дифтерийного токсина, а также координирует работу множества других генов, необходимых для нормальной жизнедеятельности C. diphtheriae. Ген, кодирующий DtxR, можно использовать для анализа популяционной структуры вида, так как он присутствует в геноме как токсигенных, так и нетоксигенных штаммов. В работе было изучено 45 штаммов C. diphtheriae, выделенных на территории Российской Федерации в 2010–2015 гг. Анализ этих штаммов показал, что ген dtxR обнаруживается у всех представителей вида и является высококонсервативным участком генома С. diphtheriae. Большинство выявленных полиморфизмов были синонимичны (16 из 18 однонуклеотидных замен). Несмотря на низкий уровень филогенетического сигнала, аллельный вариант dtxR был ассоциирован с биологическими признаками штамма (биовар, токсигенность). Полученные данные свидетельствуют о высокой активности отрицательного отбора, направленного на поддержание в популяции существующей последовательности белка, и позволяют рекомендовать наработку фрагментов гена dtxR методом полимеразной цепной реакции в качестве дополнительного метода идентификации возбудителя, что особенно актуально в условиях растущего числа заболеваний, ассоциированных с нетоксигенными штаммами C. diphtheriae.
Статья получена: 02.02.2017
Опубликовано online: 11.03.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2017-01-03
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 8300
Оригинальное исследование Генетический полиморфизм госпитальных штаммов Staphylococcus epidermidis, выделенных у новорожденных отделения реанимации и интенсивной терапии
А. Б. Гордеев, Л. А. Любасовская, Ю. В. Родченко, Д. В. Дубоделов, И. С. Мукосей, Т. О. Кочеткова, И. В. Никитина, О. В. Ионов, В. В. Зубков, Д. Ю. Трофимов, Т. В. Припутневич
Staphylococcus epidermidis — представитель нормальной микрофлоры человека, способный вызывать опасные заболевания у новорожденных с очень низкой и экстремально низкой массой тела при рождении. Различные штаммы S. epidermidis обладают разным спектром генов, ассоциированных с их резистентностью к антимикробным препаратам и патогенностью. По результатам анализа данных полных геномных секвенирований четырнадцати штаммов S. epidermidis изучено генетическое разнообразие штаммов, циркулирующих в отделении реанимации и интенсивной терапии новорожденных НЦАГиП им. В. И. Кулакова. Выявлена принадлежность штаммов к восьми сиквенс-типам, из которых чаще встречались ST2 и ST59, принадлежащие к единому клональному комплексу СС2. К данному клональному комплексу относились 10 из 14 штаммов. Показано, что изученные штаммы обладали широким спектром генов резистентности к антимикробным препаратам. Обнаружено 15 различных генов, обуславливающих резистентность штаммов к аминогликозидам, бета-лактамным антибиотикам, фузидиевой кислоте, макролидам, линкозамидам, стрептограмину B, тетрациклину и триметоприму. Выявлены гены, ассоциированные с патогенностью (aae, atlE, aap, embp), встречающиеся в геномах изученных штаммов с разной частотой. В геномах девяти штаммов был обнаружен инсерционный элемент IS256, а в геномах семи штаммов — гены ica-оперона, отвечающего за синтез белков матрикса биопленок.
Статья получена: 02.02.2017
Опубликовано online: 11.03.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2017-01-02
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 9094
Обзор Возникновение новых инфекций в XXI веке и способы их идентификации с использованием высокопроизводительного секвенирования (NGS)
В. В. Макаров, А. В. Хромов, В. А. Гущин, А. П. Ткачук
Каждое новое инфекционное заболевание может быть серьезным вызовом для современной медицины. Изменение окружающей среды, вырубка тропических лесов, таяние льдов в Антарктике, увеличение плотности населения и повсеместное использование антибиотиков — все это факторы, провоцирующие появление новых патогенов. Эпидемии гриппа, вызываемые новыми штаммами вируса; респираторные синдромы, вызываемые новыми коронавирусами; вспышки инфекций, причиной которых является гемолитическая кишечная палочка; возникновение резистентных к антибиотикам супербактерий — примеры того, какие опасности могут поджидать человечество. В число первоочередных мер, которые необходимо предпринять для противодействия новым патогенам, входит разработка способов их быстрой и точной идентификации. В обзоре рассмотрены случаи возникновения в XXI веке новых инфекционных агентов, а также проанализированы возможность и перспективы использования для выявления и идентификации новых патогенов методов высокопроизводительного секвенирования (next generation sequence).
Статья получена: 03.02.2017
Опубликовано online: 11.03.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2017-01-01
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 9825
Оригинальное исследование Возможности ядерной медицины в диагностике ангиопатий почек и сердца у пациентов с сахарным диабетом 2 типа и нарушением толерантности к глюкозе
Д. С. Харина, Т. А. Полетаева, А. К. Кондаков, Д. Ю. Мусин, И. А. Знаменский
Число больных сахарным диабетом (СД) растет, и требуется разработка эффективных подходов к ранней диагностике заболевания. Перспективными являются радионуклидные методы диагностики. Проведен ретроспективный анализ историй болезни и сцинтиграмм пациентов с СД 2 типа (n = 83) и нарушением толерантности к глюкозе (n = 52) для оценки эффективности динамической нефросцинтиграфии и перфузионной томосцинтиграфии (однофотонной эмис- сионной компьютерной томографии, ОФЭКТ) миокарда в покое при выявлении ангиопатий почек и сердца. В группу сравнения (n = 45) включили пациентов с нормальным содержанием глюкозы в крови. Оценивали функциональное состояние паренхимы почек путем качественного анализа сцинтиграмм и ренографических кривых, скорость клу- бочковой фильтрации (СКФ) — по методам Gates и Кокрофта–Голта, наличие и площадь повреждений миокарда — по данным перфузионной ОФЭКТ, синхронизированной с эхокардиографией. Функциональная активность почечной паренхимы значимо снизилась только у пациентов с СД 2 типа (критерий χ<sup>2</sup> Пирсона, p = 0,03 при сопоставлении с группой сравнения). СКФ по Gates в обеих опытных группах была значимо ниже, чем в группе сравнения (U-критерий Манна–Уитни, p = 0,0004 и p = 0,0002 соответственно), а в группе пациентов с СД 2 типа — ниже, чем в группе паци- ентов с нарушением толерантности к глюкозе (p = 0,0004). Для показателя СКФ по Кокрофту–Голту наблюдали те же закономерности, но различия при сопоставлении группы пациентов с нарушением гликемии и группы сравнения были недостоверными (p = 0,08). Корреляция между значениями СКФ, полученными разными методами, во всех группах была средней силы (коэффициент корреляции Спирмена r = 0,53 при p = 0,038). Рубцовые повреждения миокарда в обеих опытных группах выявлялись достоверно чаще, чем в группе сравнения, но различия по показателю между опытными группами были незначимыми.
Статья получена: 25.11.2016
Опубликовано online: 19.01.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2016-06-06
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 8443
Оригинальное исследование Критерии отбора генетических маркеров для анализа предрасположенности к многофакторным фенотипическим особенностям
И. И. Низамутдинов, Д. О. Коростин, В. В. Ильинский, А. С. Ракитько
Принцип наследования многофакторных фенотипических особенностей (МФО) заключается в наличии значительного количества генетических маркеров, каждый из которых вносит некоторый вклад в вероятность развития данной особенности. В данной работе предложен алгоритм отбора ДНК-маркеров с целью разработки прогностических тест-систем для определения индивидуальной предрасположенности к МФО. Метод заключается в отборе генетических маркеров, показавших статистически достоверную ассоциацию с данной МФО, а также функционально значимые полиморфизмы, для которых описаны механизмы влияния на развитие МФО. Если функциональная значимость полиморфизма не описана, критерием его статистически достоверной ассоциации с МФО является достижение полногеномной значимости в одном из исследований и подтверждение данной ассоциации на независимой выборке. Научные публикации, используемые для оценки ассоциации генетических маркеров с МФО, в зависимости от типа исследования должны соответствовать приведенным критериям.
Статья получена: 16.12.2016
Опубликовано online: 19.01.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2016-06-05
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 8911
Метод Количественное определение йода при помощи рентгеновской компьютерной томографии для дозиметрического обеспечения фотон-захватной терапии
А. А. Липенгольц, Ю. А. Будаева, М. Блайкнер, А. А. Черепанов, М. А. Меньков, В. Н. Кулаков, Е. Ю. Григорьева
Количественное определение in vivo дозоповышающих агентов, то есть элементов с Z >52, при фотон-захватной терапии (ФЗТ) необходимо для внедрения метода в клиническую практику. Проведено исследование возможности количественного определения йода (Z = 53) в тканеэквивалентном объекте (полиэтиленовом фантоме) при помощи рентгеновской компьютерной томографии (КТ). Показано, что зависимость значений рентгеноплотности водных растворов йода на томограммах фантома от концентрации йода носит линейный характер в диапазоне концентраций йода от 0,5 до 50 мг/мл. Характеристики предлагаемого метода количественного определения йода при помощи КТ соответствуют потребностям ФЗТ. Отклонение измеренного по томограммам содержания йода в растворах от их истинных значений не превышает 5 % в диапазоне концентраций йода от 10 до 50 мг/мл. Для растворов с концентрацией йода менее 5 мг/мл отклонение достигает 80 %. Однако и этот результат является приемлемым для ФЗТ, так как для концентраций йода менее 5 мг/мл неопределенность величиной в 80 % в измерении концентрации йода приводит к неопределенности определения величины поглощенной дозы не более чем в 2,8 %. Изменение спектра рентгеновского излучения в тканеэквивалентом объекте не оказывает существенного влияния на характеристики предлагаемого метода. Сравнение градуировочных кривых, построенных для растворов, расположенных около поверхности объекта и в его глубине, показало, что разница между определяемыми по ним значениями концентрации йода не превышает 2 %.
Статья получена: 01.12.2016
Опубликовано online: 19.01.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2016-06-03
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 8441
Оригинальное исследование Частота носительства в российской популяции мутаций в генах GJB2 и GALT, ассоциированных с развитием нейросенсорной тугоухости и галактоземии
Д. Д. Абрамов, М. В. Белоусова, В. В. Кадочникова, А. А. Рагимов, Д. Ю. Трофимов
Статья продолжает цикл работ, посвященных определению частоты носительства в российской популяции мутаций, ассоциированных с развитием распространенных моногенных заболеваний. Целью исследования было установление частоты распространенных в российской популяции мутаций в генах GJB2 и GALT у доноров первичной кроводачи. При генотипировании 1000 доноров первичной кроводачи, идентифицирующих себя как русских и постоянно проживающих на территории Российской Федерации, обнаружены 37 носителей мутаций в гене GJB2, ассоциированных с развитием нейросенсорной тугоухости (частота в выборке составила 3,7 %, или 1 : 27), и 6 носителей мутаций в гене GALT, ассоциированных с развитием галактоземии (частота в выборке — 0,6 %, или 1 : 167). Выявлен 1 случай сочетанного носительства мутаций, и, таким образом, всего обнаружены 42 носителя мутаций в генах GJB2 и GALT (частота в выборке — 4,2 %, или 1 : 24).
Статья получена: 06.12.2016
Опубликовано online: 19.01.2017
DOI: 10.24075/brsmu.2016-06-04
Комментарии 0
ПРОСМОТРЫ 8198