ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Взаимосвязь изменения экспрессии микроРНК и мРНК в клетках линии нт-29 в условиях гипоксии

С. А. Нерсисян1, А. В. Галатенко2,3, Д. В. Мальцева1,4, Ю. А. Ушкарев1, А. Г. Тоневицкий1,4
Информация об авторах

1 Национальный исследовательский университет Высшая школа экономики, Москва, Россия

2 Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, Москва, Россия

3 Московский центр фундаментальной и прикладной математики, Москва, Россия

4 Институт биоорганической химии имени М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова, Москва, Россия

Для корреспонденции: Диана Васильевна Мальцева
ул. Вавилова, д. 7, г. Москва, 117321; moc.liamg@avestlamd

Информация о статье

Финансирование: работа выполнена при финансовой поддержке Российского научного фонда (соглашение № 17-14-01338).

Соблюдение этических стандартов: исследование проведено с соблюдением этических принципов Хельсинской декларации Всемирной медицинской ассоциации.

Вклад авторов: С. А. Нерсисян и А. В. Галатенко — обработка данных секвенирования, биоинформатический анализ, функциональный анализ генов, построение регуляторной сети взаимодействий, подготовка рукописи статьи; Д. В. Мальцева — работа с клетками, подготовка образцов для секвенирования, подготовка рукописи к публикации; Ю. А. Ушкарев — обсуждение результатов, рецензирование текста статьи; А. Г. Тоневицкий — организация исследования, анализ полученных результатов, подготовка рукописи статьи.

Статья получена: 26.10.2020 Статья принята к печати: 22.11.2020 Опубликовано online: 07.12.2020
|
  1. Semenza GL. Hypoxia-inducible factor 1 and cardiovascular disease. Annu Rev Physiol. 2014; 76: 39–56.
  2. Muz B, de la Puente P, Azab F, Azab AK. The role of hypoxia in cancer progression, angiogenesis, metastasis, and resistance to therapy. Hypoxia. 2015; 83.
  3. Muñoz-Sánchez J, Chánez-Cárdenas ME. The use of cobalt chloride as a chemical hypoxia model. J Appl Toxicol. 2019; 39 (4): 556–70.
  4. Cai Y, Yu X, Hu S, Yu J. A Brief Review on the Mechanisms of miRNA Regulation. Genomics Proteomics Bioinformatics. Elsevier; 2009; 7 (4): 147–54.
  5. Hendrickson DG, Hogan DJ, McCullough HL, Myers JW, Herschlag D, Ferrell JE, et al. Concordant regulation of translation and mRNA abundance for hundreds of targets of a human microRNA. PLoS Biol. 2009; 7 (11).
  6. Turchinovich A, Tonevitsky AG, Cho WC, Burwinkel B. Check and mate to exosomal extracellular miRNA: new lesson from a new approach. Front Mol Biosci. Frontiers; 2015; 2: 11.
  7. Visone R, Croce CM. MiRNAs and cancer. Am J Pathol. 2009; 174 (4): 1131–8.
  8. Shkurnikov M, Nikulin S, Nersisyan S, Poloznikov A, Zaidi S, Baranova A, et al. LAMA4-Regulating miR-4274 and Its Host Gene SORCS2 Play a Role in IGFBP6-Dependent Effects on Phenotype of Basal-Like Breast Cancer. Front Mol Biosci. 2019; 6.
  9. Lacedonia D, Scioscia G, Palladino GP, Gallo C, Carpagnano GE, Sabato R, et al. MicroRNA expression profile during different conditions of hypoxia. Oncotarget. 2018; 9 (80): 35114–22.
  10. Shen G, Li X, Jia YF, Piazza GA, Xi Y. Hypoxia-regulated microRNAs in human cancer. Acta Pharmacol Sin. 2013; 34 (3): 336–41.
  11. Martin M. Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads. EMBnet.journal. 2011; 17 (1): 10.
  12. Dobin A, Davis CA, Schlesinger F, Drenkow J, Zaleski C, Jha S, et al. STAR: Ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics. 2013; 29 (1): 15–21.
  13. Friedländer MR, Mackowiak SD, Li N, Chen W, Rajewsky N. miRDeep2 accurately identifies known and hundreds of novel microRNA genes in seven animal clades. Nucleic Acids Res. Oxford Academic. 2012; 40 (1): 37–52.
  14. Robinson MD, McCarthy DJ, Smyth GK. edgeR: A Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics. 2009; 26 (1): 139–40.
  15. Love MI, Huber W, Anders S. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2. Genome Biol. BioMed Central. 2014; 15 (12): 550.
  16. Huang DW, Sherman BT, Lempicki RA. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources. Nat Protoc. Nature Publishing Group. 2009; 4 (1): 44–57.
  17. Agarwal V, Bell GW, Nam JW, Bartel DP. Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs. Elife. 2015; 4 (AUGUST2015).
  18. Muzny DM, Bainbridge MN, Chang K, Dinh HH, Drummond JA, Fowler G, et al. Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer. Nature. 2012; 487 (7407): 330–7.
  19. Tong Z, Cui Q, Wang J, Zhou Y. TransmiR v2.0: An updated transcription factor-microRNA regulation database. Nucleic Acids Res. 2019; 47 (D1): D253--D258.
  20. Culver C, Sundqvist A, Mudie S, Melvin A, Xirodimas D, Rocha S. Mechanism of hypoxia-induced NF-κB. Mol Cell Biol. 2010; 30 (20): 4901–21.
  21. Mungai PT, Waypa GB, Jairaman A, Prakriya M, Dokic D, Ball MK, et al. Hypoxia Triggers AMPK Activation through Reactive Oxygen Species-Mediated Activation of Calcium Release-Activated Calcium Channels. Mol Cell Biol. 2011; 31 (17): 3531–45.
  22. Domogatskaya A, Rodin S, Tryggvason K. Functional Diversity of Laminins. Annu Rev Cell Dev Biol. 2012; 28 (1): 523–53.
  23. Bavelloni A, Ramazzotti G, Poli A, Piazzi M, Focaccia E, Blalock W, et al. Mirna-210: A current overview. Anticancer Res. 2017; 37 (12): 6511–21.
  24. Rankin EB, Giaccia AJ. Hypoxic control of metastasis. Sci (80- ). 2016; 352 (6282): 175–80.
  25. Мальцева Д. В., Родин С. A. Ламинины и метастазирование опухолей. Мол. Биол. 2018; 52 (3): 350–71.
  26. Kashima H, Wu RC, Wang Y, Sinno AK, Miyamoto T, Shiozawa T, et al. Laminin C1 expression by uterine carcinoma cells is associated with tumor progression. Gynecol Oncol. Elsevier Inc.; 2015; 139 (2): 338–44.
  27. Zhang J, Qiu W, Ma J, Wang Y, Hu Z, Long K, et al. miR-27a- 5p Attenuates Hypoxia-induced Rat Cardiomyocyte Injury by Inhibiting Atg7. Int J Mol Sci. 2019; 20 (10).
  28. Zhang Y, Fang J, Ma H. Inhibition of miR-182-5p protects cardiomyocytes from hypoxia-induced apoptosis by targeting CIAPIN1. Biochem Cell Biol. 2018; 96 (5): 646–54.
  29. Nersisyan S, Engibaryan N, Gorbonos A, Kirdey K, Makhonin A, Tonevitsky A. Potential role of cellular miRNAs in coronavirus-host interplay. PeerJ. 2020; 8: e9994.
  30. Van Kouwenhove M, Kedde M, Agami R. MicroRNA regulation by RNA-binding proteins and its implications for cancer. Nat Rev Cancer. 2011; 11 (9): 644–56.