Актуальность исследования связана с поиском малоинвазивных молекулярных признаков состояния тканей зубодесневого комплекса у детей. Цель пилотного исследования — выявить в пилотной выборке спектральные признаки перестройки белков десневой жидкости у детей 8–14 лет при кариесе и воспалительных изменениях десны (гингивите) на основе анализа ИК-спектральной полосы Амид III. Проанализированы образцы десневой жидкости, полученные у 20 детей 8–14 лет с различным стоматологическим статусом. ИК-спектры регистрировали методом синхротронной ИК-Фурье-спектроскопии на спектрометре Bruker Vertex 80/v в диапазоне 3800–700  см^–1 с акцентом на область Амид III. Вклад элементов вторичной структуры белков оценивали с помощью деконволюции спектрального профиля и методов многомерного анализа. В пилотной выборке кариес ассоциировался с направленным увеличением суммарного вклада компонент, соответствующих β-складчатым структурам. По данным суммарной оценки основных элементов вторичной структуры, вклад β-складчатых компонентов во всех четырех аналитических группах превышал 50%, вклад неупорядоченных конформаций составлял примерно 21–31%, а вклад β-поворотов и α-спиральных компонент оставался менее 10–11%. При воспалительных изменениях десны отмечена тенденция к уменьшению вклада β-поворотов и относительному увеличению неупорядоченных конформаций. Таким образом, профиль полосы Амид III может отражать интегральные физико-химические изменения белков десневой жидкости при кариесе и гингивите. Выявленные особенности следует рассматривать как кандидатные спектральные признаки, имеющие гипотезо-генерирующий характер и требующие дальнейшей клинической проверки.