ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Компьютерный прогноз взаимодействия низкомолекулярных органических соединений с белками-мишенями
Информация об авторах
1 Отдел биоинформатики, лаборатория структурно-функционального конструирования лекарств,
НИИ биомедицинской химии имени В. Н. Ореховича РАМН, Москва
2 Кафедра биохимии, медико-биологический факультет,
Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва
Для корреспонденции: Погодин Павел Викторович
ул. Погодинская, д. 10, г. Москва, 119121; moc.liamg@vpnidogop
Статья получена: 01.07.2013
Статья принята к печати: 29.10.2013
Опубликовано online: 05.01.2017
|
Цель исследования — разработать специализированную версию компьютерной системы PASS — PASS Targets для компьютерного прогноза спектра взаимодействий химических соединений с белками-мишенями на основе информации из базы данных ChEMBLdb (версия 14). Данные о взаимодействии с белками-мишенями для 348 137 соединений были извлечены из базы данных ChEMBLdb и использованы для обучения PASS Targets. Средняя точность прогноза взаимодействия химических соединений с белками-мишенями, рассчитанная по методу скользящего контроля с исключением по одному, составила 98,1 %. Разработанная нами компьютерная система PASS Targets может быть использована для прогнозирования взаимодействия с 3257 белками-мишенями, представляющими 8 основных классов белков-мишеней из 215 видов организмов.
Ключевые слова: SAR, PASS, спектр лиганд-белковых взаимодействий, компьютерный прогноз, фармакология in silico, белки-мишени, ChEMBLdb