В настоящее время не существует критериев адекватной оценки качественного и количественного состава микробиоты кишечника новорожденных детей, что не дает возможности выявить на ранних сроках патологический процесс и скорректировать его. Целью исследования было изучить становление микробиоты кишечника у здоровых новорожденных в городе Москве, рожденных самопроизвольно и путем операции кесарева сечения, с помощью методов культуромики, протеомики и молекулярно-генетических технологий. Обследовано 66 детей: 33 ребенка, рожденных самопроизвольно, и 33 — путем операции кесарева сечения. Образцы просветной микрофлоры собирали на первые, седьмые и 30-е сутки жизни. Выделено 136 видов микроорганизмов, относящихся к 40 родам. Показано, что кесарево сечение тормозит процесс нормального становления микрофлоры кишечника, и в течение изучаемого периода (первого месяца жизни) микробиоценоз кишечника у таких детей не достигает показателей у детей, рожденных самопроизвольно. Статистически достоверно в группе самопроизвольных родов преобладали бифидобактерии (частота их встречаемости в титре 10⁹–10¹² КОЕ/г составила 84% против 33% при титре 10⁵–10¹² КОЕ/г в группе кесарева сечения). В то же время у детей, рожденных самопроизвольно, по сравнению с детьми, рожденными путем кесарева сечения, отмечена статистически достоверно более низкая частота обнаружения клостридий (33,3 и 65,4% соответственно) и лактозоотрицательных штаммов Escherichia coli (2,4 и 19,4% соответственно).