SARS-CoV-2 представляет собой РНК-вирус семейства β-коронавирусов, вызвавший пандемию тяжелого острого респираторного синдрома (COVID-19). Предполагают, что эволюционные изменения генома ныне преобладающих исходных клонов могут быть обусловлены географическими особенностями, поэтому для штаммов разного происхождения могут быть характерны различные паттерны мутаций. Целью исследования было провести мутационный и филогенетический анализы геномов SARS-CoV-2 российского происхождения в разные периоды и в разных регионах, а также охарактеризовать мутационные профили изолятов, используя подходы биоинформатики. Проведено сравнение накопления мутаций в 86 полногеномных последовательностях SARS-CoV-2 из России и 220 из Европы и Северной Америки для выявления характерных генных вариаций, возможных паттернов селективного отбора. Помимо известных мутаций в генах структурных белков, типичных для изолятов европейского происхождения, выявлены дополнительные синонимичные мутации российского происхождения, в том числе в гене M (C26750Т). Двойная мутация R203K и G204R в гене нуклеокапсида, ранее появившаяся в Европе, распространилась и быстро (в течение месяца) стала доминирующим вариантом в России. Полученные результаты свидетельствуют о том, что геном значительной части изолятов SARS-CoV-2 из России эволюционирует с накоплением новых мутаций, способствующих повышению трансмиссивности вируса. Данные о специфичных мутационных паттернах генома SARS-CoV-2 могут быть использованы для выявления вируса, отслеживания и контроля его распространенности.