В последнее время наблюдается значительная коммерциализация услуг по количественной оценке микробиоты кишечника с целью диагностики дисбиоза — нарушения микробного баланса. В условиях растущего интереса к персонализированным подходам в медицине и профилактической терапии диагностика дисбиоза приобретает все большее значение. Результаты подобного скрининга используют для рекомендаций по корректировке питания, изменению образа жизни или, при необходимости, назначения медикаментозного лечения. Для подобной оценки необходим надежный и точный метод оценки микробиоты, поскольку от качества полученных данных зависит корректность последующих рекомендаций и терапевтических вмешательств. В статье рассмотрены основные аспекты двух подходов, применяемых для количественной оценки микробиоты, — высокопроизводительного секвенирования гена 16S рРНК (16S NGS) и ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ), а также представлены их сильные, на наш взгляд, и слабые стороны.