Названия классов приведены так, как указаны в snpEff. missense_variant — миссенс-мутации; stop_gained — нонсенс-мутации; synonymous_ variant — синонимические мутации; start_lost — замена, приводящая к изменению по крайней мере одного основания канонического кодона; 3_prime_ UTR_variant — замена в 3’-UTR; downstream_gene_variant — замена в последовательности, находящейся на 3’-конце гена; upstream_gene_variant — замена в последовательности, находящейся на 5’-конце гена; stop_lost — замена, при которой по крайней мере одно основание терминаторного кодона (стоп-ко- дона) изменено, что приводит к элонгации транскрипции; splice_region_variant — замена внутри области сайта сплайсинга, либо 1–3 основания экзона, либо 3–8 основания интрона; sequence_feature — замена на любом участке последовательности; initiator_codon_variant — замена, при которой изменяется хотя бы одно основание первого кодона транскрипта; intron_variant — замена внутри интрона; non_coding_exon_variant – замена, которая изменяет неко- дирующую последовательность экзона в некодирующем транскрипте; splice_donor_variant — сплайсинг, который изменяет 2 пар оснований области на 5’-конце интрона; splice_acceptor_variant — сплайсинг, который изменяет 2 п. о. области на 3’-конце интрона; stop_retained_variant — замена, при которой по крайней мере одно основание в терминаторном кодоне изменено, но при этом терминатор не теряет своей функции; 5_prime_UTR_variant — замена в 5’-UTR; intergenic_region — область, не содержащая ген, или область, в которой нет перекрывания генов, ограниченная с обеих сторон генами либо геном и концом хромосомы.