Метагеномное секвенирование, позволяющее определять таксономическую принадлежность и долю прокариотических организмов в сообществах в разных средах, широко используется не только в научной деятельности, но и в медицинской практике. В настоящее время для изучения микробиома человека применяется так называемое метагеномное секвенирование маркерных генов, при котором секвенируется не весь геном, а лишь те его регионы, по которым можно установить родовую и иногда видовую принадлежность микроорганизмов. Чаще всего для амплификации выбирают участки гена 16S рибосомальной РНК (16S рРНК), последовательность которого, с одной стороны, высококонсервативна, а с другой — содержит вариабельные участки, которые отличаются однонуклеотидными заменами в случае с разными микроорганизмами. При этом для амплификации таких участков генома возможен подбор универсальных праймеров, что значительно снижает стоимость и время исследования. Точность секвенирования в этом случае обеспечивается точностью подбора универсальных праймеров и оптимальностью условий проведения ПЦР на этапе подготовки библиотеки для секвенирования. В статье мы описываем подход к подобру универсальных праймеров и условий ПЦР для амплификации регион-специфической части V3 и V4 участков гена 16S рРНК для дальнейшего секвенирования образцов на платформах Illumina.