CRISPR-Сas системы широко распространены у бактерий и архей. Они обеспечивают адаптивный иммунитет к бактериофагам и плазмидам, а также выполняют другие функции, включая регуляцию экспрессии генов, репарацию ДНК, формирование вирулентности. Нами был проведен анализ CRISPR-Сas систем полностью секвенированных геномов Mусоbacterium tuberculosis из семи линий: Beijing, B0/W-148, EAI, Haarlem, Ural, LAM, S. Проанализированные геномы содержат CRISPR-Сas систему типа III-A. Линиям в составе вида M. tuberculosis свойственны различия в строении CRISPR-Сas системы, в том числе редукция части системы у линии Beijing. Для cas-генов нами был осуществлен поиск возможных функциональных партнеров и компенсаторных механизмов с использованием метода филогенетического профайлинга. В ходе анализа филогенетических профилей (ФП) были обнаружены гены со сходным характером эволюционных событий. Установлено, что потеря части системы CRISPR-Cas у представителей линии Beijing сопровождалась по крайней мере двумя эволюционными событиями потери и одним событием приобретения участков генома. Возможность изучения альтернативных функций CRISPR-Сas систем у M. tuberculosis и их предполагаемая связь с другими генными системами представляет значительный интерес.