ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
Авторские права: © 2018 принадлежат авторам. Лицензиат: РНИМУ им. Н.И. Пирогова.
Статья размещена в открытом доступе и распространяется на условиях лицензии Creative Commons Attribution (CC BY).
Статья размещена в открытом доступе и распространяется на условиях лицензии Creative Commons Attribution (CC BY).
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Поиск и анализ CRISPR-Cas системы в штамме Escherichia coli HS и детектируемых спейсерами его CRISPR-кассеты фаговых рас методами биоинформатики
Информация об авторах
1 Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека, Иркутск
2 Институт биомедицинских технологии, Иркутский государственный медицинский университет, Иркутск
Для корреспонденции: Елена Иннокентьевна Иванова
ул. Тимирязева, д. 16, г. Иркутск, 664003; moc.liamg@mei.avonavi
Статья получена: 15.03.2018
Статья принята к печати: 24.03.2018
Опубликовано online: 27.06.2018
|
Рис. 1. Cas-гены (А) и их расположение в геноме (Б) E. coli HS (№ CP000802), обнаруженные при помощи MacSyFinder и визуализированные через MacSyView
Рис. 2. Структурные и функциональные характеристики белков Сas E. coli HS (№ CP000802), обнаруженные при помощи MacSyFinder
Рис. 3. Консенсусная схема чередующихся повторов в геноме штамма E. coli HS (№ CP000802), полученных при помощи приложения «CRISPI: a CRISPR Interactive database». Размер нуклеотидных символов свидетельствует о величине вариабельности нуклеотида в последовательности повтора — чем
меньше его высота, тем он более изменчив
Рис. 4. Расположение cas-генов и CRISPR-кассеты в геноме штамма E. coli HS (№ CP000802)
Таблица 1. Список последовательностей в CRISPR-кассете: спейсерные участки (spacer) разделенные повторами (repeat-unit), обнаруженные при помощи «CRISPI: a CRISPR Interactive database» в геноме штамма E. coli HS (№ CP000802)
Таблица 2. Спект фаговых рас, выявленных по комплементарным структурам спейсерных последовательностей CRISPR-кассеты штамма E. coli HS (№ CP000802)
