Одним из методов реабилитации пациентов с хроническим нарушением сознания (ХНС) является транскраниальная магнитная стимуляция (ТМС). Целью работы было изучить нейротрофические факторы у пациентов с ХНС и их изменение на фоне применения курса ТМС. Пациентам с ХНС различной этиологии в хронических сроках (26 человек) и здоровым добровольцам (21 человек) проводили курс ритмической ТМС левой ангулярной извилины. У всех участников собирали образцы сыворотки крови и ликвора до и после курса. В биоматериале исследовали уровни BDNF, NSE, NGF, РDGF, GDNF, NT3. Показано, что уровни BDNF, NSE, PDGF, GDNF, NT3 в крови у пациентов с ХНС выше, чем у здоровых добровольцев (p < 0,05). Не выявлено различий в концентрации нейротрофических факторов в крови и ликворе в зависимости от формы ХНС. У пациентов с последствиями черепно- мозговой травмы уровень BDNF в ликворе оказался выше, чем у пациентов с нетравматической этиологией ХНС (p < 0,05). После проведения курса ТМС показано увеличение уровня BDNF в ликворе у посттравматических пациентов (p < 0,05). Других значимых изменений по группам и другим биомаркерам в крови и ликворе выявлено не было. Таким образом, уровни нейротрофических факторов BDNF, NSE, PDGF, GDNF, NT3 в сыворотке крови пациентов с ХНС выше, чем у здоровых добровольцев. Уровень BDNF в ликворе пациентов был выше при посттравматическом ХНС и увеличивался после проведения курса высокочастотной ТМС у этой группы. Это может свидетельствовать о длительных процессах нейропластичности, происходящих у пациентов после черепно-мозговой травмы, и более благоприятном реабилитационном прогнозе.