На сегодняшний день актуальной остается проблема взаимосвязи микробиоты кишечника и хронической инсомнии. Целью исследования было изучить изменения таксономического состава микробиоты кишечника и характер их взаимосвязи с кортизолом, мелатонином и IL6 у лиц с хронической инсомнией. В одномоментном сравнительном проспективном исследовании приняли участие 55 лиц с хронической инсомнией (основная группа: женщины — 58,2%, мужчины — 41,8%; средний возраст — 31,6 ± 7,4 лет) и 50 лиц без инсомнии (контрольная группа: женщины — 68,0%, мужчины — 32,0%; средний возраст — 33,2 ± 6,6 лет). Оценивали таксономический состав микробиоты кишечника методом секвенирования гена 16S rRNA. Определяли уровни кортизола и IL6 в плазме крови, мелатонина в моче с помощью иммуноферментного анализа. Для оценки качества сна использовали опросник PSQI.  У лиц с хронической инсомнией обнаружены статистически значимое cнижение численности Faecalibacterium (p = 0,048), Prevotella 9 (p < 0,001) и Lachnospira (p = 0,036) и повышение численности Blautia (p = 0,012)  и Eubacteriumhallii (p = 0,003). Установлены статистически значимые корреляции значений  IL6 с уровнем бактерий Faecalibacterium (r = –0,44; p = 0,001) и Blautia (r = 0,42; p < 0,001), концентрации кортизола и уровня бактерий Lachnospira (r = –0,41; p = 0,048). Выявлена сопряженность уровня бактерий Faecalibacterium, Blautiaс с более высокими баллами по опроснику PSQI (r = –0,47, p = 0,001; r = 0,45, p < 0,001 соответственно). Таким образом, получены дополнительные данные об особенностях изменений микробиоты кишечника и их связи с некоторыми гормональными и воспалительными биомаркерами при хронической инсомнии, позволяющие применять новые терапевтические стратегии в персонифицированном лечении и диагностике инсомнии, направленные на нормализацию кишечной микробиоты.