Новорожденные от матерей с COVID-19 подвержены риску заражения, могут иметь высокий риск осложнений в раннем неонатальном периоде и отдаленные последствия для здоровья. Цель исследования — определить аминокислотный профиль пуповинной плазмы и амниотической жидкости пациентов с COVID-19 для анализа связи влияния перенесенного антенатально COVID-19 на изменения в метаболоме «внутриутробного пациента». Для оценки уровня 31 аминокислоты в образцах амниотической жидкости и пуповинной плазмы беременных с COVID-19, полученных при родоразрешении, применяли высокоэффективную жидкостную хроматографию с масс-спектрометрической детекцией. Основную группу составили 29 пациенток с подтвержденным диагнозом COVID-19; контрольную — 17 соматически здоровых женщин с беременностью без осложнений. Концентрации восьми аминокислот в амниотической жидкости статистически значимо (p < 0,05) различались между исследуемыми группами. Разработаны модели логистической регрессии (чувствительность 0,84; специфичность — 1), позволяющие определять, что анализируемая амниотическая жидкость взята от пациенток, перенесших COVID-19. В плазме пуповинной крови значимые различия обнаружены для четырех аминокислот. Построенные модели позволяют выявлять принадлежность исследуемой пуповинной плазмы пациентам группы контроля или COVID-19 (чувствительность и специфичность — 1). Одновременно в двух точках (амниотическая жидкость и пуповинная плазма), комплексно отображающих метаболом плода, были выявлены и статистически значимо отличались при COVID-19 три аминокислоты. Воздействие вируса на организм приводит к выраженным изменениям в метаболоме амниотической жидкости и пуповинной плазмы плода, что может привести к нарушению программирования производства белковых молекул, но не проявляется при рождении.