ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Изоформы микроРНК miR-148a и miR-203a предположительно играют роль супрессоров колоректального рака

Информация об авторах

1 Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики», Москва, Россия

2 Институт молекулярной биологии Национальной академии наук Республики Армения, Ереван, Армения

Для корреспонденции: Степан Ашотович Нерсисян
ул. Вавилова, д. 7, г. Москва, 117312, Россия; ur.esh@naysisrens

Информация о статье

Финансирование: исследование осуществлено в рамках Программы фундаментальных исследований НИУ ВШЭ.

Благодарности: Алексею Галатенко из лаборатории молекулярной физиологии НИУ ВШЭ за критику авторских идей и ценные замечания.

Соблюдение этических стандартов: исследование проведено с соблюдением этических принципов Хельсинкской декларации Всемирной медицинской ассоциации.

Статья получена: 29.04.2022 Статья принята к печати: 22.05.2022 Опубликовано online: 30.05.2022
|

Изоформы микроРНК — класс коротких некодирующих РНК, осуществляющих регуляцию экспрессии генов. Изоформы микроРНК отличаются от канонических микроРНК несколькими нуклеотидами на концах молекулы, причем вариации с 5′-концов микроРНК изменяют множество генов-мишеней. Целью работы было провести анализ функциональной активности 5′-изоформ микроРНК в тканях колоректального рака. Мишени 5′-изоформ микроРНК были предсказаны с помощью биоинформатических программ miRDB и TargetScan. Полученные данные о мишенях 5′-изоформ микроРНК были интегрированы с данными секвенирования мРНК и изоформ микроРНК образцов первичных колоректальных опухолей проекта The Cancer Genome Atlas Colon Adenocarcinoma. Для построения сети взаимодействий изоформ микроРНК, их мишеней и транскрипционных факторов по интегрированным данным использовали алгоритм miRGTF-net. Показано, что высокоэкспрессированные при колоректальном раке изоформы микроРНК, различающиеся одним нуклеотидом на 5′-конце молекулы, имеют не более 30% общих мишеней. В регуляторной сети взаимодействий выявлены наиболее активные изоформы микроРНК. Уровни экспрессий канонической микроРНК hsa-miR-148a-3p и ее предсказанных мишеней, являющихся регуляторами клеточной пролиферации (CSF1, ETS1, FLT1, ITGA5, MEIS1, MITF, RUNX2), были значимо отрицательно коррелированы, откуда может следовать противоопухолевая роль данной молекулы. Каноническая микроРНК hsa-miR-203a-3p|0 и ее 5′-изоформа были антикоррелированы с различными генами-мишенями, но при этом обе потенциально подавляли экспрессию генов, вовлеченных в эпителиально-мезенхимный переход: SNAI2 и TNC.

Ключевые слова: колоректальный рак, изоформы микроРНК, регуляторные сети, miRGTF-net, TCGA

КОММЕНТАРИИ (0)