На сегодняшний день остается актуальной проблема взаимосвязи микробиоты кишечника и ювенильного идиопатического артрита (ЮИА). Целью исследования было изучить изменения таксономического состава микробиоты кишечника и оценить на уровне родов характер их взаимосвязи с кортизолом, мелатонином и TNFα у больных ЮИА. В одномоментном сравнительном исследовании приняли участие 65 больных ЮИА (основная группа) и 60 здоровых детей (контрольная группа). Оценивали таксономический состав микробиоты кишечника, уровни кортизола, мелатонина и TNFα в плазме крови. У больных ЮИА обнаружены изменения таксономического состава микробиоты кишечника: статистически значимое cнижение численности Anaerostipes (р = 0,042), Lachnospira (р = 0,034), Roseburia (р = 0,002), Coprococcus (р = 0,014), Dialister (р = 0,003) и повышение численности Ruminococcus (р = 0,012). Установлена статистически значимая корреляция значений  кортизола с  уровнем бактерий Lachnospira (r = –0,44; p = 0,001), концентрации мелатонина и уровнем бактерий Coprococcus (r = –0,48; p = 0,023), значений TNFα и уровнем бактерий  Ruminococcus (r = 0,52; p = 0,001).Также выявлена сопряженность численности бактерий Lachnospira, Roseburia и Ruminococcus с более высокими показателями по DAS28 (r = –0,57; p = 0,002; r = –0,44; p = 0,002; r = 0,54; p = 0,032 соответственно). Результаты предоставляют дополнительные данные об особенностях изменений микробиоты кишечника и их связи с некоторыми гормональными и воспалительными биомаркерами при ЮИА, что может стать обоснованием для проведения дальнейших исследований, а также, возможно, открывает новые подходы к терапии этого заболевания.