В настоящее время выделяют метаболически здоровое ожирение (МЗО) и метаболически нездоровое ожирение (МНЗО). Жировая и мышечная ткани могут определять фенотип ожирения за счет выработки адипокинов и миокинов. В формировании МЗО участвует и микробное сообщество кишечника. Целью работы было изучить уровни адипокинов и миокинов и их связь с альфа-разнообразием микробиома кишечника при МЗО и МНЗО. Из 265 обследуемых сформированы две группы: здоровые лица и пациенты с ожирением. Последние были разделены на две подгруппы: пациенты с МЗО и пациенты с МНЗО. У обследуемых определяли индекс массы тела, окружность талии, индекс HOMA-IR, уровень адипокинов и миокинов, таксономический состав микробиома кишечника и индексы альфа-разнообразия, оценивали липидный и углеводный обмен. Выявлены статистически значимые различия уровней адипокинов и миокинов, а также их взаимосвязь с показателями разнообразия микробиома кишечника у пациентов с разными фенотипами ожирения. При МЗО и МНЗО уровень адипонектина был значимо ниже (р < 0,05), а лептина и аспросина — выше (р < 0,05) по сравнению со здоровыми лицами. Пациенты с МНЗО имели уровни адипонектина и лептина более низкие (p < 0,05), чем пациенты с МЗО. При МНЗО статистически значимо выше уровень FGF21. Массовый корреляционный анализ при МЗО показал связь между уровнем глюкозы с индексами разнообразия микробиома кишечника, которая отсутствовала при МНЗО, что указывает на утрату влияния микробиоты кишечника на регуляцию уровня глюкозы крови при МНЗО и о различной регуляторной роли микробиоты кишечника в оси «микробиом кишечника — печень — жировая и мышечная ткани» при МЗО и МНЗО. Полученные данные указывают на взаимосвязь между разнообразием микробиома кишечника и фенотипом ожирения.