2023 / 01

Следующая статья
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.001

МЕТОД

Подход к кластеризации пациентов по микрочиповым данным внутри отдельных локусов с использованием комбинаций вариантов

Л. Н. Юльметова, Н. А. Кулемин, Е. И. Шарова
Информация об авторах

Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины имени Ю. М. Лопухина Федерального медико-биологического агентства, Москва, Россия

Для корреспонденции: Елена Ивановна Шарова
ул. Малая Пироговская, д. 1с3, г. Москва, 119435, Россия; moc.liamg@87avorahs

Информация о статье

Финансирование: работа выполнена в рамках гранта Президента РФ для молодых ученых-кандидатов наук МК-2951.2022.1.4.

Благодарности: авторы благодарят dbGaP за предоставление доступа к наборам данных phs000421.v1.p1 и phs000001.v3.p1. Набор данных с регистрационным номером dbGaP phs000421.v1.p1 получен из исследования генетики эндотелиальной дистрофии роговицы Фукса (FECD) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000421.v1.p1. Авторы признают гранты, финансировавшие регистрацию случаев и контролей, которые будут использоваться в этом GWAS: R01EY016514 (DUEC, PI: Gordon Klintworth), R01EY016482 (CWRU, PI: Sudha Iyengar) и 1X01HG006619-01 (PI: Sudha Iyengar, Натали Афшари). Авторы благодарят участников FECD и исследовательскую группу FECD за их ценный вклад в это исследование. Набор данных с регистрационным номером dbGaP phs000001.v3.p1 получен из базы данных исследования возрастных заболеваний глаз (AREDS) по адресу https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000001.v3.p1. Финансовая поддержка AREDS была предоставлена Национальным глазным институтом (N01-EY-0-2127). Авторы благодарят участников AREDS и исследовательскую группу AREDS за их ценный вклад в это исследование. Авторы благодарят научного сотрудника ФГБУ ФНКЦ ФХМ имени Ю. М. Лопухина Л. О. Скородумову за ценные предложения, замечания и поддержку.

Вклад авторов: Е. И. Шарова — идея и подбор данных; Е. И. Шарова, Л. Н. Юльметова — планирование и выбор методов; Н. А. Кулемин — финансирование и администрирование проекта; Л. Н. Юльметова — разработка и вычисления; Е. И. Шарова, Л. Н. Юльметова, Н. А. Кулемин — обсуждение результатов, написание и редактирование статьи.

Соблюдение этических стандартов: исследование проведено с соблюдением принципов Хельсинкской декларации, с использованием наборов данных проектов phs000421.v1.p1 и phs000001.v3.p1., доступ к которым одобрен и получен через dbGaP в соответствии с их политикой одобрения и доступа к конкретным сетам данных.

Статья получена: 12.12.2022 Статья принята к печати: 20.01.2023 Опубликовано online: 12.02.2023
|

Дистрофия роговицы Фукса является социально значимым наследственным заболеванием. Более половины случаев в европейской популяции вызваны увеличением числа тринуклеотидных повторов в гене TCF4. Целью исследования было разработать и проверить подход разделения пациентов на группы на основе результатов чип-генотипирования и полногеномного ассоциативного исследования (GWAS). В качестве исходных данных использовали датасеты FECD Genetics Multi-center Study и проекта AREDs в количестве 1721 клинических случаев и 2408 контрольных пациентов. При анализе результатов GWAS было проведено разделение пациентов и группы контроля на две группы методом иерархической кластеризации с учетом предположения, что пациенты с увеличенным числом повторов в гене TCF4 имеют определенные сочетания геномных вариантов (гаплотипов). Показано, что одиночные варианты не могут быть использованы для молекулярно-генетической классификации пациентов с увеличенным числом повторов в гене TCF4 из-за рассогласованности результатов по вариантам. При этом гаплотипный подход превзошел анализируемые варианты по параметру отношения шансов, перекрывая 95%-й доверительный интервал выборок двух экспериментальных исследований. Предложенный метод позволяет продолжать поиск биологически обоснованных сочетаний  геномных вариантов.

Ключевые слова: полногеномное ассоциативное исследование, эндотелиальная дистрофия роговицы, экспансия тринуклеотидных повторов, классификация пациентов, локус

КОММЕНТАРИИ (0)