ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
МЕТОД
Подход к кластеризации пациентов по микрочиповым данным внутри отдельных локусов с использованием комбинаций вариантов
Информация об авторах
Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины имени Ю. М. Лопухина Федерального медико-биологического агентства, Москва, Россия
Для корреспонденции: Елена Ивановна Шарова
ул. Малая Пироговская, д. 1с3, г. Москва, 119435, Россия; moc.liamg@87avorahs
Информация о статье
Финансирование: работа выполнена в рамках гранта Президента РФ для молодых ученых-кандидатов наук МК-2951.2022.1.4.
Благодарности: авторы благодарят dbGaP за предоставление доступа к наборам данных phs000421.v1.p1 и phs000001.v3.p1. Набор данных с регистрационным номером dbGaP phs000421.v1.p1 получен из исследования генетики эндотелиальной дистрофии роговицы Фукса (FECD) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000421.v1.p1. Авторы признают гранты, финансировавшие регистрацию случаев и контролей, которые будут использоваться в этом GWAS: R01EY016514 (DUEC, PI: Gordon Klintworth), R01EY016482 (CWRU, PI: Sudha Iyengar) и 1X01HG006619-01 (PI: Sudha Iyengar, Натали Афшари). Авторы благодарят участников FECD и исследовательскую группу FECD за их ценный вклад в это исследование. Набор данных с регистрационным номером dbGaP phs000001.v3.p1 получен из базы данных исследования возрастных заболеваний глаз (AREDS) по адресу https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000001.v3.p1. Финансовая поддержка AREDS была предоставлена Национальным глазным институтом (N01-EY-0-2127). Авторы благодарят участников AREDS и исследовательскую группу AREDS за их ценный вклад в это исследование. Авторы благодарят научного сотрудника ФГБУ ФНКЦ ФХМ имени Ю. М. Лопухина Л. О. Скородумову за ценные предложения, замечания и поддержку.
Вклад авторов: Е. И. Шарова — идея и подбор данных; Е. И. Шарова, Л. Н. Юльметова — планирование и выбор методов; Н. А. Кулемин — финансирование и администрирование проекта; Л. Н. Юльметова — разработка и вычисления; Е. И. Шарова, Л. Н. Юльметова, Н. А. Кулемин — обсуждение результатов, написание и редактирование статьи.
Соблюдение этических стандартов: исследование проведено с соблюдением принципов Хельсинкской декларации, с использованием наборов данных проектов phs000421.v1.p1 и phs000001.v3.p1., доступ к которым одобрен и получен через dbGaP в соответствии с их политикой одобрения и доступа к конкретным сетам данных.
Статья получена: 12.12.2022
Статья принята к печати: 20.01.2023
Опубликовано online: 12.02.2023
|
Рис. 1. Результаты полногеномного поиска ассоциаций, представленные с помощью Манхэттенского графика. Точки на графике представляют собой анализируемые варианты, их позиции по оси x определяются расположением вариантов в геноме, позиции по оси y отражают степень ассоциации с заболеванием, выраженную величиной ‒log10 (p-value)
Рис. 2. Тепловая карта (хитмап) кластеризации пациентов. По вертикали обозначены пациенты, по горизонтали — различные геномные варианты. Аннотация справа отражает распределение образцов с ДФ и образцов контрольной группы в пределах каждого кластера
Рис. 3. Доля людей с экспансией и без экспансии повторов в интроне гена TCF4 по данным нашего исследования (гаплотипный подход, носительство минорных аллелей вариантов rs784257, rs72932578, rs618869) и других исследований. ДФ — люди с дистрофией Фукса, Ктр — группа контроля
Рис. 4. Согласованность результатов определения статуса повторов с использованием разных подходов — по генотипам вариантов rs784257, rs72932578, rs618869 и с учетом гаплотипов. Слева — для носителей экспансии повторов в группе ДФ, справа — для носителей экспансии повторов в группе контроля
Таблица 1. Характеристика участников исследования
Таблица 2. Распределение людей с предположенным статусом повторов по группам сравнения
Таблица 3. Результаты экспериментальных исследований доли людей с экспансией повторов в TCF4 среди пациентов с ДФ и контрольных образцов европейского происхождения
Таблица 4. Отношение шансов обнаружить экспансию в группе пациентов с ДФ по сравнению с группой контроля
