2023 / 02

Следующая статья
DOI: 10.24075/vrgmu.2023.012

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Генетическая характеристика штамма Aerococcus sp. 1KP-2016, выделенного от пациента с инфекцией кровотока

А. В. Чаплин1,2, И. А. Чагина1, А. С. Пименова1, Н. Т. Гадуа1, Н. М. Каргальцева1, О. Ю. Борисова1,2, Е. Е. Донских2, Л. И. Кафарская2
Информация об авторах

1 Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Г. Н. Габричевского, Москва, Россия

2 Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва, Россия

Для корреспонденции: Андрей Викторович Чаплин
ул. Адмирала Макарова, д. 10, г. Москва, 125212, Россия; moc.liamg@kidemoloko

Информация о статье

Вклад авторов: А. В. Чаплин — филогенетический анализ, анализ данных, подготовка рукописи; И. А. Чагина, А. С. Пименова, Н. Т. Гадуа — микробиологические исследования, подготовка рукописи; Н. М. Каргальцева, Л. И. Кафарская — анализ литературы, подготовка рукописи; О. Ю. Борисова — молекулярно-генетические исследования, анализ данных, анализ литературы, подготовка рукописи; Е. Е. Донских — анализ данных, анализ литературы, подготовка рукописи.

Соблюдение этических стандартов: исследование одобрено этическим комитетом ФБУН МНИИЭМ им. Г. Н. Габричевского Роспотребнадзора (протокол № 28 от 18 ноября 2014 г.); от пациента получено добровольное письменное согласие на участие в исследовании

Статья получена: 22.03.2023 Статья принята к печати: 16.04.2023 Опубликовано online: 25.04.2023
|
  1. Williams RE, Hirch A, Cowan ST. Aerococcus, a new bacterial genus. J Gen Microbiol. 1953; 8: 475–80.
  2. Tai DBG, Go JR, Fida M, Saleh JA. Management and treatment of Aerococcus bacteremia and endocarditis. International J Infect Dis. 2021; 102: 584–9.
  3. Rasmussen M. Aerococcus: an increasingly acknowledged human pathogen. Clin Microbiol Infect. 2016; 22: 22–7.
  4. Christensen JJ, Jensen IP, Faerk J, Kristensen B, Skov R, Korner B. The Danish ALO Study Group. Bacteremia / Septicemia Due to Aerococcus-Like Organisms: Report of Seventeen Cases. Clin Infect Dis. 1995; 21 (4): 943–94.
  5. Rasmussen, M. Aerococci and aerococcal infections. J Infection. 2013; 66: 467–74.
  6. Yaban B, Kikhney J, Musci M, Petrich A, Schmidt J, Hajduczenia M et al. Aerococcus urinae – A potent biofilm builder in endocarditis. PLoS One. 2020; 15: е0231827.
  7. Carkaci D, Højholt K, Nielsen XC, Dargis R, Rasmussen S, Skovgaard, O. et al. Genomic characterization, phylogenetic analysis, and identification of virulence factors in Aerococcus sanguinicola and Aerococcus urinae strains isolated from infection episodes. Microb Pathog. 2017; 112: 327–40.
  8. Mathieu А, Delmont ТО, Vogel ТМ, Robe Р, Nalin R, Simonet Р. Life on human surfaces: skin metagenomics. PLoS One. 2013; 8 (6): e65288.
  9. Bankevich A, Nurk S, Antipov D, Gurevich AA, Dvorkin M, Kulikov AS. et al. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J Comput Biol. 2012; 19: 455–77.
  10. Lee I, Chalita M, Ha S-M, Na S-I, Yoon S-H, Chun J. ContEst16S: an algorithm that identifies contaminated prokaryotic genomes using 16S RNA gene sequences. Int J Syst Evol Microbiol. 2017; 67: 2053–57.
  11. Parks DH, Imelfort M, Skennerton CT, Hugenholtz P, Tyson GW. CheckM: assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes. Genome Res. 2015; 25: 1043–55.
  12. Couvin D, Bernheim A, Toffano-Nioche C, Touchon M, Michalik J, Néron B. CRISPRCasFinder, an update of CRISRFinder, includes a portable version, enhanced performance and integrates search for Cas proteins. Nucleic Acids Res. 2018; 46: W246–51.
  13. Arndt D, Grant JR, Marcu A, Sajed T, Pon A, Liang Y. et al. PHASTER: a better, faster version of the PHAST phage search tool. Nucleic Acids Res. 2016; 44: W16.
  14. Zankari E, Hasman H, Cosentino S, Vestergaard M, Rasmussen S, Lund O, et al. Identification of acquired antimicrobial resistance genes. J Antimicrob Chemother. 2012; 67: 2640–4.
  15. Lechner M, Findeiß S, Steiner L, Marz M, Stadler PF, Prohaska SJ. Proteinortho: Detection of (Co-)orthologs in large-scale analysis. BMC Bioinformatics. 2011; 12.
  16. Edgar RC MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res. 2004; 32: 1792–7.
  17. Simonsen M, Mailund T, Pedersen CNS. Rapid Neighbour-Joining. In Algorithms in Bioinformatics; Springer Berlin Heidelberg: Berlin, Heidelberg, 2008; 113–22.
  18. Richter M, Rosselló-Móra R, Oliver Glöckner F, Peplies J. JSpeciesWS: a web server for prokaryotic species circumscription based on pairwise genome comparison. Bioinformatics. 2016; 32: 929–31.
  19. Parks DH, Chuvochina M, Waite DW, Rinke C, Skarshewski A, Chaumeil PA. A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life. Nat Biotechnol. 2018; 36: 996.
  20. Chun J, Oren A, Ventosa A, Christensen H, Arahal DR, da Costa MS, et al. Proposed minimal standards for the use of genome data for the taxonomy of prokaryotes. Int J Syst Evol Microbiol. 2018; 68: 461–6.
  21. Richter M, Rosselló-Móra R. Shifting the genomic gold standard for the prokaryotic species definition. Proc Natl Acad Sci USA. 2009; 106: 19126–31.
  22. Narayanasamy S, King K, Dennison A, Spelman DW, Aung AK. Clinical characteristics and laboratory identification of Aerococcus infections: an Australian tertiary centre perspective. Hindawi International J Microbiology. 2017; 5684614.