На Восточном Кавказе проживают более 30 народов, говорящих на кавказских, иранских и тюркских языках. Слияние многих миграционных потоков и сложная популяционная структура Восточного Кавказа затрудняют анализ его генофонда: из всех регионов Кавказа он наименее изучен. Цель работы — выявить основные закономерности в изменчивости аутосомных генофондов этого региона. По обширным панелям SNP-маркеров изучено 356 геномов 29 этносов: 243 генома 22 народов Восточного Кавказа и 113 геномов 7 народов окружающих регионов. Биоинформатический анализ проведен методами предковых компонент ADMIXTURE и главных компонент изменчивости генофонда (РСА). Выдвинута гипотеза трех основных пластов генофонда Восточного Кавказа, взаимодействие которых формирует его структуру. «Дагестанский» пласт несет информацию о генофонде древнего автохтонного населения Северного Кавказа. «Иранский» пласт отражает наследие древних и средневековых волн миграций ираноязычного населения: он составляет три четверти генофонда современного Азербайджана и около трети генофонда народов Дагестана. «Степной» пласт фиксирует слабое влияние евразийской степи. Взаимодействие трех генетических пластов лишь косвенно связано с языковой принадлежностью народов, но у кавказоязычных народов связь с лингвистикой проявляется ярче. Выявлены четыре генетически своеобразные группы коренного населения Восточного Кавказа, комплекс которых должен включаться в характеристику его аутосомного генофонда: 1) даргинцы, лакцы; 2) аварцы, лезгины, табасараны, агулы, рутульцы, цахуры; 3) кумыки, таты и азербайджанцы Дагестана; 4) азербайджанцы и талыши Азербайджана. Определены направления дальнейших исследований.