Ассоциация микробиоты кишечника и наружного генитального эндометриоза (НГЭ) на сегодняшний день представляет собой особый научный интерес. Целью исследования было оценить изменения таксономического состава микробиоты кишечника и изучить на уровне видов их взаимосвязь с показателями IL6, IL8 и TNFα в плазме крови у пациенток с НГЭ. В одномоментное сравнительное исследование было включено 50 пациенток с НГЭ (основная группа) и 50 здоровых женщин (контрольная группа). Оценивали изменения таксономического состава микробиоты кишечника и уровни IL6, IL8 и TNFα в плазме крови. У пациенток с НГЭ в таксономическом составе микробиоты кишечника обнаружены статистически значимое cнижение представленности видов Coprococcus catu (р = 0,009), Turicibacter sanguinis (р = 0,008) и Ruminococcus gnavus (p < 0,001), повышение представленности видов Eubacterium ramulus (р = 0,040), Bacterioides dorei (р = 0,001), Prevotella divia (р = 0,008) и Shigella flexneri (р < 0,001). Выявлены статистически значимые корреляции показателя IL6 с представленностью Turicibacter sanguinis (r = –0,92; р = 0,001), IL8 и Shigella flexneri (r = 0,72; р < 0,001), TNFα с представленностью Prevotella divia (r = 0,77; р = 0,001). Полученные результаты дополняют имеющиеся литературные сведения о специфике изменений микробиоты кишечника и их сопряженности с некоторыми биомаркерами воспаления при НГЭ, что может стать обоснованием для продолжения исследований в этом направлении и, возможно, открывает новые подходы к лечению этого заболевания.