Существенным методологическим ограничением в изучении микробиома эндометрия выступает риск контаминации проб цервикальной микробиотой в ходе трансцервикального взятия материала. Целью работы было экспериментально оценить эффективность урогенитальных зондов типов Пайпель-C1 (Пайпель-биопсия) и Пайпель-C2 (Эндобраш) в предотвращении данного вида контаминации. Для этого была разработана in vitro модель шейки матки двух типов (с цилиндрическим и щелевидным каналом), заполненная модельной цервикальной слизью с известным количеством бактериальной ДНК. После прохождения зондами через модельный цервикальный канал выполняли забор «эндометриальной» пробы (стерильный воздух) с последующим количественным ПЦР-анализом. Оба типа зондов продемонстрировали значительный перенос бактериальной ДНК из цервикальной слизи в эндометриальную пробу. Медианный перенос общей бактериальной ДНК составил 81,6% [54,4–107] для Пайпель-C1 и 29,8% [14,8–56,3] для Пайпель-C2 (p = 0,009). Ни один из зондов не обеспечивал защиты от контаминации на уровне, позволяющем достоверно интерпретировать состав микробиоты эндометрия. Эффективность зондов в предотвращении контаминации зависела от анатомической формы канала и конкретной группы микроорганизмов. Полученные результаты свидетельствуют, что ни один из исследованных зондов не обеспечивает надежной защиты от контаминации, что затрудняет интерпретацию данных о составе микробиоты эндометрия в трансцервикально полученных образцах и указывает на целесообразность изучения совокупной цервико-эндометриальной микробиоты.