Статья размещена в открытом доступе и распространяется на условиях лицензии Creative Commons Attribution (CC BY).
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Разработка классификатора состояний сосудов с использованием методов контролируемого машинного обучения
1 Центр нейробиологии и нейрореабилитации имени Владимира Зельмана, Сколковский институт науки и технологий, Москва, Россия
2 Центр искусственного интеллекта, Сколковский институт науки и технологий, Москва, Россия
3 Центр фотоники и фотонных технологий, Сколковский институт науки и технологий, Москва, Россия
4 Центр молекулярной и клеточной биологии, Сколковский институт науки и технологий, Москва, Россия
Для корреспонденции: Злата Валерьевна Беседовская
Большой бульвар, 30, стр. 1, Москва, 121205, Россия; moc.liamg@dlogantari
Благодарности: авторы статьи выражают признательность авторам опубликованной ранее работы [13] за предоставление открытых данных, которые были использованы при проведении исследования.
Вклад авторов: З. В. Беседовская — разработка пайплайна и инструментов кластеризации, подготовка изображений для публикации, подготовка драфта публикации; А. Ю. Коробов — создание и интеграция новых дескрипторов сегментов сосудов в пайплайн, подготовка драфта публикации; Н. И. Кудряшова — медицинская концептуализация и валидация дескрипторов сегментов сосудов, подготовка драфта публикации.
Количественная обработка оптоакустических ангиограмм — одна из важных задач, решение которой в перспективе позволит диагностировать сосудистые заболевания на ранних стадиях. Целью исследования было провести доработку и медико-биологическую валидацию программного инструмента для анализа оптоакустических ангиограмм с фокусом на применение методов машинного обучения. Работу проводили на открытом наборе данных, содержащем трехмерные оптоакустические ангиограммы экспериментального животного (мыши) в трех температурных состояниях: температура холодной воды (16 °C), комнатная температура (23 °C) и температура тела (30 °C), а также датасет с базовыми параметрами сосудов, полученных при обработке программным обеспечением общего назначения для визуализации и анализа научных и промышленных данных Amira/Avizo (Thermo Fisher Scientific). Были разработаны и посчитаны различные параметры сосудов, отсутствующие в предыдущей работе, после чего применены основные методы неконтролируемой/контролируемой кластеризации и контролируемой классификации для определения принадлежности сегментов сосудов к разным температурным состояниям. Методы контролируемой классификации показали высокую общую точность: CatBoost — 98,9%, SGDClassifier — 95,7%, логистическа регрессия — 99,7%. Полученные результаты согласуются с существующими описаниями изменений сосудов при температурных тестах. Примененная методология универсальна, а значит при небольшой модификации может быть адаптирована для пациентов. Таким образом, полученные результаты в перспективе позволят улучшить диагностику сосудистых патологий.
Ключевые слова: оптоакустика, кластеризация васкулярных изменений, вазодилатация, вазоконстрикция, ангиография, фотоакустика