Импутация генотипов позволяет значительно снизить затраты на получение полногеномных данных при сохранении информативности, однако ее точность напрямую зависит от наличия качественной фазированной референсной панели гаплотипов. Существующие панели для Macaca mulatta охватывают преимущественно индийскую линию вида и не отражают генетическую структуру лабораторных популяций смешанного происхождения. Целью ретроспективного биоинформатического исследования было создать и отвалидировать фазированную референсную панель на основе консолидации 618 общедоступных полногеномных данных M. mulatta обеих географических линий, обработанных по единому стандартизированному протоколу. Итоговая панель включает 33 457 491 SNP-маркер. Валидация на образцах индийского и китайского происхождения при сверхнизком покрытии (0,1×–0,9×) подтвердила высокую точность импутации, максимальную для доминирующей в панели индийской линии. Апробация на 10 независимых образцах при покрытии 0,6х показала высокий средний показатель достоверности импутации (INFO = 0,898). Созданный ресурс открывает возможности для экономически эффективного генотипирования больших когорт M. mulatta и служит основой для проведения полногеномных ассоциативных и популяционно-генетических исследований в отечественных и зарубежных приматологических центрах.