В последнее время наблюдается значительная коммерциализация услуг по количественной оценке микробиоты кишечника с целью диагностики дисбиоза — нарушения микробного баланса. В условиях растущего интереса к персонализированным подходам в медицине и профилактической терапии диагностика дисбиоза приобретает все большее значение. Результаты подобного скрининга используют для рекомендаций по корректировке питания, изменению образа жизни или, при необходимости, назначения медикаментозного лечения. Для подобной оценки необходим надежный и точный метод оценки микробиоты, поскольку от качества полученных данных зависит корректность последующих рекомендаций и терапевтических вмешательств. В статье рассмотрены основные аспекты двух подходов, применяемых для количественной оценки микробиоты, — высокопроизводительного секвенирования гена 16S рРНК (16S NGS) и ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ), а также представлены их сильные, на наш взгляд, и слабые стороны.
ПРОСМОТРЫ 2888
мРНК-вакцины показали высокую эффективность в борьбе с пандемией COVID-19 и другими вирусными инфекциями. Несмотря на интенсивное изучение мРНК-вакцин в последние пять лет, вопрос о безопасности их применения все еще остается актуальным. Целью работы было оценить иммуногенность противотуберкулезной мРНК вакцины в двух дозах у самок и самцов крыс через 2 и 4 недели после вакцинации. В эти же сроки определяли гематологические и биохимические показатели крови. Подтверждена дозозависимость иммуногенности мРНК вакцин как у самок, так и у самцов. Вакцинация привела к умеренной лимфоцитопении и нейтрофилии у самцов крыс, а также к выраженным дозо- и гендерзависимым изменениям в биохимических параметрах крови в различных временных точках. Полученные результаты свидетельствуют об умеренной токсичности противотуберкулезной мРНК вакцины и важности исследования ее токсических действий в различных временных точках у животных обоих полов.
ПРОСМОТРЫ 2571
Ханты и манси — коренные малочисленные народы Западной Сибири с уникальными культурными, антропологическими и лингвистическими особенностями. Изучение их генофонда позволяет реконструировать генетическую структуру населения, говорившего на угорских языках, от которого в современности сохранились только ханты, манси, а также венгры, в чьем генофонде присутствуют следы средневековой миграции угроязычных мадьяр. Детальная характеристика генофонда хантов и манси важна для реконструкции угорских популяций и генетической истории региона. Целью исследования было изучить репрезентативные выборки хантов (n = 83) и манси (n = 74) на основе базовой панели из 60 SNP-маркеров и углубленной панели 74 SNPмаркеров Y-хромосомы статистическими и картографическими методами в контексте коренного народонаселения Урала и Западной Сибири. Выявлены различия генофондов хантов и манси и по базовой панели гаплогрупп Y-хромосомы, и по ветвям гаплогрупп N2 и N3a4. Основная часть генофонда хантов равномерно распределена между N2-Y3195 (26%), N2-VL67 (23%) и N3a4-Z1936 (23%). В генофонде манси резко преобладает «западная» ветвь N2-Y3195 (69%). В многомерном генетическом пространстве манси тяготеют к популяциям Урало-Поволжья. Ханты по базовой панели Y-гаплогрупп сближаются с популяциями Западной и Южной Сибири. Анализ ветвей N3a4 показал, что ханты занимают промежуточное положение между «уральским» и «сибирским» кластерами: при движении предков хантов из Приуралья на северо-восток они включили оба генетических компонента. Геногеографические карты 10 ветвей гаплогруппы N3a4 в популяциях Урала и Западной Сибири отражают динамику генофонда в период от 4 до 2 тыс. лет назад.
ПРОСМОТРЫ 3807
Ингибиторы РНКазы давно используют в биотехнологии и лабораторной диагностике. Целью работы было получить и охарактеризовать новый рекомбинантный ингибитор РНКаз LoRI. Полученный новый ингибитор рибонуклеаз LoRI представляет собой рекомбинантный белок массой 63 кДа, оптимизированный для высокопроизводительной экспрессии в E. coli и очистки с помощью металлохелатной аффинной хроматографии (IMAC). Продукт получен за счет N-концевого слияния полипептидной последовательности плацентарного ингибитора РНКаз мыши с тиоредоксиновым модулем. Целесообразность данной модификации с точки зрения структуры и функции белка подтверждена in silico. Выход очищенного растворимого рекомбинантного продукта в лабораторных условиях составил около 12 мг на 1 л экспрессионной бактериальной культуры. По активности in vitro продукт сопоставим с коммерческим аналогом или превосходит его. Кинетические данные соответствуют модели Лайнуивера–Берка.
ПРОСМОТРЫ 2581
Оппортунистический патоген Pseudomonas aeruginosa занимает одно из ведущих мест в структуре возбудителей нозокомиальных инфекций, что связано с высоким адаптивным потенциалом и способностью быстро формировать устойчивость к антимикробным препаратам. Целью работы было оценить влияние адаптации P. aeruginosa к колистину на бактериальный фитнес. В исследование включили 9 изолятов, полученных в ходе экспериментальной эволюции штамма P. aeruginosa (лабораторный номер 1202) в условиях возрастающей концентрации колистина, кинетику роста которых сравнивали с родительским штаммом; у всех изолятов провели полногеномное секвенирование и определили минимальную подавляющую концентрацию колистина. Темпы роста оценивали при помощи многофункционального ридера Varioskan LUX (Thermo Scientific, США) в течение 18 ч при 37 °С, каждые 15 мин измеряя оптическую плотность (ОП) при λ = 600 нм. Учитывали максимальную скорость роста (СРmax, т. е. максимальное изменение ОП в течение 1 ч) и время, необходимое для достижения 50% от максимальной ОП, зарегистрированной при росте родительского штамма Ра_1202_0 (Т_ОП50%). Изоляты клона с мутациями в генах phoQ, lptA и prs отличались низкими показателями фитнеса от родительских штаммов. Например, СРmax изолята Ра_1202_43 составила 0,029 ОП/ч против 0,182 ОП/ч у исходного изолята Ра_1202_0, а ОП50% он достигал на 4,6 ч позже. Ростовые характеристики клона с мутациями в lpxL и lptB, а также клона, несущего мутированный pmrB, в целом были сопоставимы с показателями родительского штамма. Таким образом, модификации генома, наблюдавшиеся в ходе адаптации P. aeruginosa к колистину, оказывают неоднозначное влияние на бактериальный фитнес.
ПРОСМОТРЫ 1899
Современные знания о кумулятивной распространенности, разнообразии и частоте встречаемости отдельных орфанных наследственных болезней (ОНБ) среди детского населения ограничены в РФ и мировых исследованиях несмотря на широкую востребованность для здравоохранения и общества. Для ОНБ характерны изменчивость и неоднородность вышеперечисленных показателей для разных популяций, которая также проявляется в широкой генетической гетерогенности. Целью работы было изучение ОНБ среди детского населения Республики Северная Осетия – Алания (РСО-А). Обследовано 543 817 человек, в том числе 145560 детей (от 0 до 18 лет). Рассчитана кумулятивная распространенность аутосомно-рецессивной (АР), аутосомно-доминантной (АД) и Х-сцепленной (Х-сц.) наследуемой патологии. По полученным результатам, суммарная распространенность ОНБ среди детей РСО-А составляет 1 : 119, т. е. 1% детей имеет диагноз ОНБ. В сельской местности суммарная отягощенность детского населения всеми типами ОНБ более чем в 2 раза выше, чем в городах и районных центрах. Выявлен 1241 пациент (из 1037 семей) с 241 нозологической формой ОНБ (109 форм — с АД-наследованием, 102 — с АР и 30 — с Х-сц.). Особенностью обследованной популяции является высокая распространенность трех заболеваний, ранее не установленных в подобных исследованиях: врожденная миастения 12-го типа, редкая форма врожденной дисфункции коры надпочечников — дефицит 3-бета-гидроксистероиддегидрогеназы, синдром брахидактилии типа Е — амелогенеза — умственной отсталости — нанизма. Таким образом, население РСО-А характеризуется специфическим спектром ОНБ, обусловленных редкими мутациями, часть из которых редко встречается в других популяциях мира и РФ. Обращает на себя внимание более высокая распространенность данного спектра патологий в сельских популяциях. Выявленные показатели свидетельствуют о необходимости разработки специализированных регион-специфических программ для профилактики детской инвалидности и/или летальности.
ПРОСМОТРЫ 2081
Платформа секвенирования следующего поколения MGI (MGI Tech Co. Ltd., Китай), включающая секвенаторы DNBSEQ-G50, -G400 и -T7, активно внедряется в научные исследования. Однако сохраняются ограничения, связанные с использованием стандартных баркодов, в частности, на количество одновременно секвенируемых образцов и на соотношение их количества, а также присутствует проблема совместимости баркодов из разных или неполных сетов. Целью работы было разработать универсальный метод, позволяющий секвенировать до 252 образцов одновременно на одной дорожке секвенатора, с устранением ограничений, связанных с баркодами. Мы предложили «метод четверок», обеспечивающий уравновешивание баркодов по принципу 4 или 4n+2. Проведена проверка метода на соответствие требованиям к баркодам для секвенирования, а также валидация метода на платформе DNBSEQ G-400. Метод четверок показал эффективность и надежность, позволяет секвенировать до 252 образцов одновременно без снижения качества данных, он оптимизирует процесс подготовки библиотек и повышает гибкость секвенирования на платформе MGI.
ПРОСМОТРЫ 2139
Вербальная рабочая память (ВРП) — фундаментальная функция, ответственная за временное хранение и краткосрочную работу с вербальной информацией. Целью работы было определить биомаркер рабочей памяти, связанный с нейровизуализацией источника сверхмедленной электрической активности у больных с хронической ишемией мозга (ХИМ). В исследовании приняли участие 50 пациентов с ХИМ: 16 мужчин и 34 женщины в возрасте 50–85 лет. ВРП оценивали по тесту Лурия. Испытуемые были разделены на две группы, не различающиеся по возрасту, с ВРП ниже и выше среднего уровня в исследованной выборке. Регистрировалась сверхмедленная, менее 0,1 Гц, электрическая активность, иначе называемая уровнем постоянного потенциала (УПП) головного мозга в пяти монополярных отведениях: лобном, центральном, затылочном, правом и левом височных. С помощью фМРТ покоя анализировали области мозга с активированным BOLD (blood-oxygen-level-dependent) сигналом и связанные с областями мозга, ответственными за ВРП и за источники генерации УПП, регистрируемые неполяризуемыми электродами. В двух группах ВРП найдены различия в активации BOLD-сигнала и амплитуде сверхмедленной активности. Эти нейросети покоя, ВРП и нейросеть, ответственная за генерацию УПП, пересекаются в лобных областях. УПП в лобном отведении достоверно различался в двух группах ВРП (р = 0,00004). Биомаркером ВРП у больных ХИМ является сверхмедленная активность, регистрируемая в лобном отведении и генерируемая тем участком нейросети, который является пересечением сети ВРП и участка мозга, ответственного за генерацию УПП в лобной области.
ПРОСМОТРЫ 2166