За последние несколько лет технологии высокопроизводительного секвенирования (High Throughput Sequencing, HTS) прочно вошли в обиход современной биологии и медицины. Открылись принципиально новые возможности для секвенирования геномов и глубокого анализа различных ДНК- и РНК-библиотек. В то же время новые технологии содержат и новые подводные камни — ограничения в получении достоверной количественной и качественной информации при глубоком анализе сложных библиотек. Четкое понимание этих ограничений необходимо как для корректной интерпретации получаемой информации, так и для поиска технологических решений, позволяющих минимизировать их влияние. В обзоре мы показываем, как молекулярное баркодирование позволяет нормировать образцы и устранять ошибки полимеразной цепной реакции (ПЦР) и секвенирования при сохранении реального разнообразия библиотек в ходе HTS-анализа сложных библиотек.