ОБЗОР

Количественный и безошибочный анализ данных массированного секвенирования с использованием молекулярного баркодирования

Информация об авторах

1 Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва, Россия

2 Группа структурной организации Т-клеточного иммунитета, отдел геномики адаптивного иммунитета, Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук, Москва

Для корреспонденции: Дмитрий Михайлович Чудаков
117997, Москва, ул. Островитянова, д. 1; ur.liam@mdvokaduhc

Информация о статье

Финансирование: работа поддержана Российским научным фондом, грант №14-35-00105.

Статья получена: 28.09.2015 Статья принята к печати: 22.10.2015 Опубликовано online: 05.01.2017
|
Коррекция ошибок и нормировка данных с использованием молекулярного баркодирования. (А) В ходе приготовления библиотек происходит многократное и неравномерное увеличение копий стартовых молекул кДНК или ДНК. Некоторые из дочерних молекул неизбежно содержат ошибки. (Б) Первая стадия анализа: прочитанные молекулы, имеющие один и тот же баркод, объединяются в одну группу (MIG). (В) По доминирующей последовательности внутри каждой группы происходит установление исходной последовательности. (Г) Кластеризация MIG — переход на счет стартовых молекул. (Д) Вторая стадия анализа (используется для коррекции ошибок при глубоком секвенировании): высокочастотные ошибки детектируются и удаляются из дальнейшего анализа.