ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Оценка числа ВИЧ-специфичных Т-лимфоцитов у здоровых доноров по данным высокопроизводительного секвенирования репертуаров Т-клеточных рецепторов
Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва, Россия
Для корреспонденции: Шугай Михаил Александрович
ул. Миклухо-Маклая, д. 16/10, Москва, 117997; moc.liamg@yaguhs.liahkim
Финансирование: работа выполнена при поддержке Российского научного фонда, грант № 17-15-01495.
Вклад всех авторов в работу равнозначен: подбор и анализ литературы, планирование исследования, сбор, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи, внесение исправлений.
Детальное изучение механизмов формирования иммунного ответа против вируса иммунодефицита человека (ВИЧ) необходимо для лучшего понимания процессов развития иммунодефицита у пациентов с ВИЧ-инфекцией, разработки эффективных методов ее иммунотерапии и новых вакцин против вируса. В исследовании нами были проанализированы данные ранее полученных результатов секвенирования репертуаров Т-клеточных рецепторов для большого числа здоровых индивидуумов (601 донор из американской популяции и 65 доноров из российской популяции) с целью определения частоты наивных Т-лимфоцитов, обладающих специфичностью к ВИЧ, в популяции. Мы обнаружили, что на уровне популяции имеет место значительная вариабельность между различным эпитопами ВИЧ в частотах специфичных Т-клеток (F-statistic = 2007, p < 10–100, ANOVA). Несмотря на то, что частота Т-лимфоцитов, специфичных к одному и тому же эпитопу, была достаточно стабильной между индивидуумами, мы обнаружили, что она значительно зависит от таких факторов, как наличие у человека определенных аллелей HLA (p < 0,01, пост-хок тест Тьюки), наличие цитомегаловирусной инфекции (F = 61, p = 7 × 10–15, ANOVA), а также возраст (коэффициент корреляции Пирсона в диапазоне от –0,53 до –0,14 для разных групп).
Ключевые слова: высокопроизводительное секвенирование, ВИЧ, Т-клеточный рецептор, HLA, CMV