Механизмы развития аутоиммунных васкулитов и полиангиитов мало изучены, однако известно, что патогенез этих заболеваний в значительной степени опосредуется Т-лимфоцитами. Циклофосфамид (ЦФ) широко используется для лечения аутоиммунных заболеваний. Клетки лимфоидного ряда (Т, В и NK-клетки), и в особенности наивные Т-лимфоциты, обладают высокой чувствительностью к ЦФ. Мы проанализировали репертуары Т-клеточных рецепторов (T-cell receptors, TCRs) периферической крови молодых (24–35 лет, n = 4) и пожилых (52–68 лет, n = 5) пациентов с синдромами Вегенера и Чарга–Стросса, получавших не ранее чем за 3 года до начала исследования ЦФ в высоких дозах. В контрольную группу включили здоровых доноров: 7 молодых и 14 пожилых людей. Мы не выявили описанных ранее вариантов TCRs, характерных для ANCA-ассоциированных васкулитов. Представленность «публичных» (часто встречающихся в популяции, в значительной степени формирующихся в эмбриональном периоде) вариантов TCRs в репертуарах молодых пациентов оказалась существенно ниже, чем в репертуарах здоровых доноров того же возраста, и была близка к таковой пожилых здоровых доноров. Мы предполагаем, что терапия высокими дозами ЦФ элиминирует значительную часть наивных Т-лимфоцитов молодых доноров, содержащих публичные варианты TCR эмбрионального происхождения. Отдаленные последствия таких изменений в структуре Т-клеточного иммунитета требуют дальнейшего изучения.