Рис. 1. Сравнение средней представленности Т-клеточных рецепторов (T-cell receptors, TCR), специфичных к определенным эпитопам ВИЧ, для Т-клеточных репертуаров из работ Emerson и соавт. [14] и Britanova и соавт. [15]. По оси X отложено распределение среднего размера клонотипа специфичной Т-клетки (фракции от всех прочтений бета-цепи TCR) в образцах из работ [14] (n = 65) и [15] (n = 601). По оси Y отложены эпитопы, для которых известны последовательности специфичных TCR (по данным VDJdb); формат записи — «аллель HLA : последовательность эпитопа»

Рис. 2. Представленность ВИЧ-специфичных TCR в образцах от доноров с известным статусом по цитомегаловирусу. Результаты сравнительного анализа между CMV-положительными (+) и CMV-отрицательными донорами (–) приведены отдельно для каждого эпитопа. По оси X отложен десятичный логарифм среднего размера клонотипа специфичной Т-клетки (фракция от всех прочтений бета-цепи TCR). Данные винсоризованы для лучшей визуализации: показаны только образцы со значениями, лежащими между 5 % и 95 % процентилями распределения

Рис. 3. Суммарная частота TCR, специфичных к эпитопам ВИЧ, которые могут быть представлены набором аллелей HLA донора (по данным Emerson и соавт.). По оси X отложен средний (по группам доноров, имеющих данный аллель HLA) процент от общего числа прочтений для последовательностей TCR, специфичных к эпитопам ВИЧ, представленных определенной аллелью HLA. Для каждого из значений также отображено стандартное отклонение. Список аллелей получен пересечением аллелей в базе VDJdb и аннотаций данных Emerson и соавт., аллель HLA-B*42 исключен, т. к. представлен только одним образцом, остальные аллели присутствуют у более чем 35 доноров из 601. Протективные аллели и аллели, связанные с предрасположенностью к ВИЧ-инфекции, взяты из обзора Goulder и Walker [3]

Рис. 4. Изменение суммарной частоты ВИЧ-специфичных TCR у доноров разного пола в зависимости от возраста. Данные из исследования Emerson и соавт. распределены по группам в соответствии с CMV-статусом доноров. На графике также приведены результаты линейного моделирования зависимости частоты ВИЧ-специфичных TCR от возраста для мужчин и женщин