2018 / 04

Следующая статья
DOI: 10.24075/vrgmu.2018.054

ОБЗОР

Надлежащая организация системы биобезопасности как средство снижения уязвимости общества, экономики и государства перед биогенными угрозами

В. А. Гущин1,2, В. А. Мануйлов3, В. В. Макаров4, А. П. Ткачук3
Информация об авторах

1 Лаборатория механизмов популяционной изменчивости патогенных микроорганизмов, Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени Н. Ф. Гамалеи, Москва

2 Кафедра вирусологии, биологический факультет, Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, Москва

3 Лаборатория трансляционной биомедицины, Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени Н. Ф. Гамалеи, Москва

4 ФГБУ «ЦСП» Минздрава России, Москва

Для корреспонденции: Владимир Алексеевич Гущин
ул. Гамалеи, д. 18, г. Москва, 123098; moc.liamg@adainawow

Информация о статье

Финансирование: статья подготовлена при поддержке Министерства здравоохранения Российской Федерации в рамках программы «Национальная система химической и биологической безопасности 2015–2020» и Министерства образования и науки РФ в рамках проекта RFMEFI60117X0018.

Статья получена: 30.09.2018 Статья принята к печати: 14.10.2018 Опубликовано online: 20.10.2018
|
  1. О биологической безопасности. Проект Федерального закона Российской Федерации. (ред. от августа 2016 г.). 30 с. Доступно по ссылке: http://regulation.gov.ru/ projects#npa=55658
  2. Онищенко Г. Г., Попова А. Ю., Топорков В. П., СмоленскийВ. Ю., Щербакова С. А., Кутырев В. В. Современные угрозы и вызовы в области биологической безопасности и стратегия противодействия. Проблемы особо опасных инфекций. 2015; (3): 5–9
  3. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2017 году: Государственный доклад. М.: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека; 2018. 268 с.
  4. Покровский В .И., Брико Н. И. Эпидемиология. Учебник. М.: ГЭОТАР-Медиа; 2016. 368 с.
  5. Лобзин Ю. В., Белозеров Е. С., Беляева Т. В, Волжанин В. М. Вирусные болезни человека. СПб.: СпецЛит; 2015. 400 с.
  6. BioWatch and public health surveillance: Evaluating systems for the early detection of biological threats. Abbreviated version. Washington, DC: The National Academies Press. IOM and NRC. 2011. 252 р.
  7. Онищенко Г. Г., Меркулов И. В., Петров Е. Ю., Желобов В. Е., Шевчук Н. А., Селедцова О. В. О ходе иммунизации населения в рамках национального календаря профилактических прививок. Протокол селекторного совещания у руководителя Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Протокол №13 от 20.07.2010). Доступно по ссылке: http://41.rospotrebnadzor.ru/content/protokol-protokol-selektornogo-soveshchaniya-u-rukovoditelya-federalnoy-sluzhby-po-nadzoru-5
  8. Основы государственной политики в области обеспечения химической и биологической безопасности Российской Федерации на период до 2025 года и дальнейшую перспективу (утв. Президентом РФ 1 ноября 2013 г. N Пр- 2573). Доступно по ссылке: http://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/70423098/
  9. Указ Президента РФ от 31.12.2015 N 683 «О Стратегии национальной безопасности Российской Федерации». Доступно по ссылке: http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_191669/
  10. В России создадут Центр по борьбе с биологическими угрозами. [Электронный ресурс] Paper 16 матра 2015. Доступно по ссылке: https://iz.ru/news/584008 (last accessed 12 September 2018)
  11. Постановление Правительства РФ от 30 июня 2004 г. N 322 «Об утверждении Положения о Федеральной службе по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека» (в ред. от 24 января 2017 г.). Доступно по ссылке: http://base.garant.ru/12136005/
  12. Приказ Федеральной службы государственной статистики от 28 января 2014 г. N 52 «Об утверждении статистического инструментария для организации Федеральной службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека федерального статистического наблюдения за заболеваемостью населения инфекционными и паразитарными болезнями и профилактическими прививками». Доступно по ссылке: http://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/70479106/
  13. Статистический учет и отчетность учреждений здравоохранения. М.: Министерство здравоохранения и социального развития Российской Федерации. 2006. 81 с.
  14. Федеральный закон от 30.03.1999 N 52-ФЗ «О санитарно- эпидемиологическом благополучии населения» (в ред. от 03.07.2016). Доступно по ссылке: http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_22481/
  15. Постановление Правительства РФ от 2 февраля 2006 г. N 60 «Об утверждении Положения о проведении социально- гигиенического мониторинга» (в ред. от 4 сентября 2012 г.). Доступно по ссылке: http://base.garant.ru/12144791/
  16. СанПиН 2.3.2.1078-01. Гигиенические требования безопасности и пищевой ценности пищевых продуктов. Утверждены главным государственным санитарным врачом Российской Федерации 06 ноября 2001 г. Доступно по ссылке: http://base.garant.ru/4178234/
  17. СанПиН 2.1.4.1074-01: Питьевая вода. Гигиенические требования к качеству воды централизованных систем питьевого водоснабжения. Контроль качества. Гигиенические требования к обеспечению безопасности систем горячего водоснабжения. Утверждены главным государственным санитарным врачом Российской Федерации 29 сентября 2001 г. Доступно по ссылке: http://docs.cntd.ru/document/901798042
  18. Перечень стандартов, содержащих правила и методы испытаний и измерений, в том числе правила отбора образцов, необходимые для применения и исполнения требований технического регламента Таможенного союза «Требования безопасности пищевых добавок, ароматизаторов и технологических вспомогательных средств» и осуществления оценки (подтверждения) соответствия. Приложение к Единым санитарно- эпидемиологическим и гигиеническим требованиям к товарам, подлежащим санитарно-эпидемиологическому надзору (контролю). Утверждены Решением Комиссии Таможенного союза от 28 мая 2010 года № 299. (в ред. от 09 декабря 2011 г.)
  19. Dzenitis JM, Makarewicz AJ. The Autonomous Pathogen Detection System. The Microflow Cytometer. 2010: 263–84.
  20. Hindson BJ, Makarewicz AJ, Setlur US, Henderer BD, McBride MT, Dzenitis JM. APDS: the autonomous pathogen detection system. Biosens Bioelectron. 2005; 20 (10): 1925–31.
  21. Онищенко Г. Г., Кузькин Б. П., Демина Ю. В. и др. Обеспечение готовности и организация работы СПЭБ ФКУЗ «Ставропольский противочумный институт» Роспотребнадзора в период проведения XXII Олимпийских и XI Паралимпийских зимних игр в Сочи. Проблемы особо опасных инфекций. 2015; (1): 58–62.
  22. GAO-14-267T BIOSURVEILLANCE: Observations on the Cancellation of BioWatch Gen-3 and Future Considerations for the Program. GAO. Statement of Chris Currie, Acting Director, Homeland Security and Justice. Washington, D.C.: 2014.
  23. Fournier PE, Raoult D. Prospects for the future using genomics and proteomics in clinical microbiology. Annu Rev Microbiol. 2011; (65): 169–188.
  24. Diene SM, Bertelli C, Pillonel T, Schrenzel J, Greub G. Bacterial genomics and metagenomics: clinical applications and medical relevance. Rev Med Suisse. 2014; 10 (450): 2155–61.
  25. Zhou K, Ferdous M, de Boer RF, Kooistra-Smid AM, Grundmann H, Friedrich AW, et al. The mosaic genome structure and phylogeny ofShiga toxin-producing Escherichia coli O104:H4 is driven by short-termadaptation. Clin Microbiol Infect. 2015; 21 (468): e467–18.
  26. Zhou K, Lokate M, Deurenberg RH, Tepper M, Arends JP, Raangs EG, et al. Use ofwhole-genome sequencing to trace, control and characterize the regionalexpansion of extended-spectrum beta-lactamase producing ST15 Klebsiellapneumoniae. Sci Rep. 2016; (6): 20840.
  27. Weterings V, Zhou K, Rossen JW, van Stenis D, Thewessen E, Kluytmans J, et al. An outbreak of colistin-resistant Klebsiella pneumoniaecarbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae in the Netherlands (July–December 2013), with inter-institutional spread. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2015; (34): 1647–55.
  28. Ferdous M, Zhou K, de Boer RF, Friedrich AW, Kooistra- Smid AM, Rossen JW, Comprehensive characterization of Escherichia coli O104:H4isolated from patients in the Netherlands. Front Microbiol. 2015; (6): 1348.
  29. Bathoorn E, Rossen JW, Lokate M, Friedrich AW, Hammerum AM. Isolation of an NDM-5-producing ST16 Klebsiella pneumoniae from a Dutchpatient without travel history abroad, August 2015. Euro Surveil. 2015; (20): 30040.
  30. Falgenhauer L, Waezsada SE, Yao Y, Imirzalioglu C, Kasbohrer A, Chakraborty T. Colistin resistance gene mcr-1 in extended-spectrumbeta-lactamase-producing and carbapenemase-producing Gram-negativebacteria in Germany. Lancet Infect Dis. 2016; (16): 282–283.
  31. Aanensen DM, Feil EJ, Holden MT, Dordel J, Yeats CA, Fedosejev A, et al. Whole-genome sequencing for routine pathogen surveillancein public health: a population snapshot of invasive Staphylococcus aureus in Europe. Mbio. 2016; 7 (3): e00444–16.
  32. Fournier PE, Dubourg G, Raoult D. Clinical detection and characterizationof bacterial pathogens in the genomics era. Genome Med. 2014; (6): 114.
  33. Hasman H, Saputra D, Sicheritz-Ponten T, Lund O, Svendsen CA, Frimodt-Moller N, et al. Rapid whole-genome sequencing fordetection and characterization of microorganisms directly from clinicalsamples. J Clin Microbiol. 2014; (52): 139–46.
  34. Franz E, Delaquis P, Morabito S, Beutin L, Gobius K, Rasko DA, et al. Exploiting the explosion ofinformation associated with whole genome sequencing to tackle Shigatoxin-producing Escherichia coli (STEC) in global food production systems. Int J Food Microbiol. 2014; (187): 57–72.
  35. Laabei M, Recker M, Rudkin JK, Aldeljawi M, Gulay Z, Sloan TJ, et al. Predicting the virulence of MRSA from its genome sequence. Genome Res. 2014; (24): 839–49.
  36. Ferdous M, Friedrich AW, Grundmann H, de Boer RF, Croughs PD, Islam MA, et al. Molecular characterization and phylogeny of Shiga toxin-producingEscherichia coli isolates obtained from two Dutch regions using whole genomesequencing. Clin Microbiol Infect 2016; (22): 642.e1–642.e9.
  37. Nijhuis RH, Oueslati S, Zhou K, Bosboom RW, Rossen JW, Naas T, et al. OXY-2-15, a novel variant showing increased ceftazidime hydrolytic activity. J Antimicrob Chemother. 2015; (70): 1429–33.
  38. Hasman H, Saputra D, Sicheritz-Ponten T, Lund O, Svendsen CA, Frimodt-Moller N, et al. Rapid whole-genome sequencing fordetection and characterization of microorganisms directly from clinicalsamples. J Clin Microbiol 2014; (52): 139–46.
  39. Patel JB. 16S rRNA gene sequencing for bacterial pathogen identification inthe clinical laboratory. Mol Diagn. 2001; (6): 313–21.
  40. Schuurman T, de Boer RF, Kooistra-Smid AM, van Zwet AA. Prospectivestudy of use of PCR amplification and sequencing of 16S ribosomal DNA fromcerebrospinal fluid for diagnosis of bacterial meningitis in a clinical setting. J Clin Microbiol. 2004; (42): 734–40.
  41. Srinivasan L, Pisapia JM, Shah SS, Halpern CH, Harris MC. Canbroad-range 16S ribosomal ribonucleic acid gene polymerase chain reactionsimprove the diagnosis of bacterial meningitis? A systematic review andmeta-analysis. Ann Emerg Med. 2012; (60): 609–20.
  42. Kalia VC, Kumar R, Kumar P, Koul S. A genome-wide profiling strategy asan aid for searching unique identification biomarkers for Streptococcus. Indian J Microbiol. 2016; (56): 46–58.
  43. Sabat AJ, van Zanten E, Akkerboom V, Wisselink G, van Slochteren K, de Boer RF. Targetedamplification for bacterial identification at the species-level usingnext-generation sequencing—increased discrimination of closely relatedspecies. ECCMID. 2016; E-poster EP0219.
  44. Daubin V, Gouy M, Perriere G. Bacterial molecular phylogeny usingsupertree approach. Genome Inform. 2001; (12): 155–64.
  45. Thompson CC, Chimetto L, Edwards RA, Swings J, Stackebrandt E, Thompson FL. Microbial genomic taxonomy. BMC Genom. 2013; (14): 913.
  46. Tenover FC, Arbeit RD, Goering RV. How to select and interpretmolecular strain typing methods for epidemiological studies of bacterialinfections: a review for healthcare epidemiologists. Molecular Typing WorkingGroup of the Society for Healthcare Epidemiology of America. Infect Control Hosp Epidemiol. 1997; (18): 426–39.
  47. Sabat AJ, Budimir A, Nashev D, Sa-Leao R, van Dijl J, Laurent F, et al. Overview of molecular typing methods for outbreakdetection and epidemiological surveillance. Euro Surveil. 2013; (18): 20380.
  48. Harrison EM, Paterson GK, Holden MT, Larsen J, Stegger M, Larsen AR, et al. Whole genomesequencing identifies zoonotic transmission of MRSA isolates with the novelmecA homologue mecC. EMBO Mol Med. 2013; (5): 509–15.
  49. Макаров В. В., Хромов А. В., Гущин В. А., Ткачук А. П. Возникновение новых инфекций в 21 веке и способы их идентификации с использованием высокопроизводительного секвенирования (NGS). Вестник РГМУ. 2017; (1): 5–25.
  50. Яковлев С. В., Суворова М. П. , Белобородов В. Б., Басин Е. Е., Елисеева Е. В., Ковеленов С. В. и др. Распространенность и клиническое значение нозокомиальных инфекций в лечебных учреждениях России: исследование ЭРГИНИ. Антибиотики и химиотерапия 2016; 61 (5–6): 32–42.
  51. Козлов Р. С. Пневмококки: уроки прошлого — взгляд в будущее. Смоленск: МАКМАХ; 2010.
  52. Paterson DL, Rossi F, Baquero F, et al. In vitro susceptibilities of aerobic and facultative Gram-negative bacilli isolated from patient with intra-abdominal infections worldwide: the 2003 Study for Monitoring Antimicrobial Resistance Trend (SMART). J Antimicrob Chemother. 2005; (55): 965–73.
  53. Научный отчет о результатах исследования антибиотикорезистентности бактериальных возбудителей нозокомиальных инфекций в отделениях с интенсивным использованием антибиотиков в стационарах России (РеВАНШ). Смоленск: Научно-исследовательский институт антимикробной химиотерапии; 2009.
  54. Bonomo RA, Burd EM, Conly J, Limbago BM, Poirel L, Segre JA, Westblade LF. Carbapenemase-Producing Organisms: A Global Scourge. Clin Infect Dis. 2017 Oct 16.
  55. Kohler PP, Volling C, Green K, Uleryk EM, Shah PS, McGeer A. Carbapenem Resistance, Initial Antibiotic Therapy, and Mortality in Klebsiella pneumoniae Bacteremia: A Systematic Review and Meta-Analysis. Infect Control Hosp Epidemiol. 2017 Nov; 38 (11): 1319–28.
  56. Zavascki AP, Barth AL, Gaspareto PB, et al. Risk factors for nosocomial infections due to Pseudomonas aeruginosa producing metallo-beta-lactamase in two tertiary-care teaching hospitals. J Antimicrob Chemother. 2006; (58): 882–5.
  57. Messadi AA, Lamia T, Kamel B, et al. Association between antibiotic use and changes in susceptibility patterns of P. aeruginosa in an intensive care unit: a 5-year study, 2000– 2004. Burns. 2008; (34):1098–102.
  58. Яковлев С. В., Проценко Д. Н., Шахова Т. В. и др. Антибиотикорезистентность в стационаре: контролируем ли мы ситуацию? Антибиотики и химиотерапия. 2010; 55 (1–2): 50–58
  59. Tacconelli E, De Angelis G, Cataldo MA, et al. Does antibiotic exposure increase the risk of methicillinresistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolation? A systematic review and meta-analysis. J Antimicrob Chemother. 2008; (61): 26–38.
  60. Sarma JB, Ahmed GU. Characterisation of methicillin resistant S. aureus strains and risk factors for acquisition in a teaching hospital in northeast India. Indian J Med Microbiol. 2010; (28): 127–9.
  61. Fair RJ, Tor Y. Antibiotics and bacterial resistance in the 21st century. Perspect Med Chem. 2014; (6): 25–64.
  62. Curcio D. Multidrug-resistant Gram-negative bacterial infections: are you ready for the challenge? Curr Clin Pharmacol. 2014; (9): 27–38.
  63. De Angelis GD, D’Inzeo T, Fiori B, et al. Burden of antibiotic resistant Gram-negative bacterial infections: evidence and limits. J Med Microbiol Diagn. 2014; (3) :132–37.
  64. Глобальный план действий по борьбе с устойчивостью к противомикробным препаратам. ВОЗ. 2016 г. 7 с. Доступно по ссылке: http://apps.who.int/gb/ebwha/pdf_files/WHA69/A69_24-ru.pdf
  65. Яковлев С. В., Проценко Д. Н., Шахова Т. В. и др. Антибиотикорезистентность в стационаре: контролируем ли мы ситуацию? Антибиотики и химиотерапия. 2010; 55 (1–2): 50–8.
  66. Яковлев С. В., Сидоренко С. В., Рафальский В. В., Спичак Т. В., редакторы. Стратегия и тактика рационального применения антимикробных средств в амбулаторной практике. Российские практические рекомендации. М.: Издательство «Пре100принт»; 2014. 121 с.
  67. Blair JM, Webber MA, Baylay AJ, et al. Molecular mechanisms of antibiotic resistance. Nat Rev Microbiol. 2015; (13): 42–51.
  68. The Protocol for the Prohibition of the Use in War of Asphyxiating, Poisonous or Other Gases, and of Bacteriological Methods of Warfare. United Nations (1925). Available from: http://www.un.org/disarmament/WMD/Bio/1925GenevaProtocol.shtml (last accessed 12 December 2015).
  69. World Health Organization. Public health response to biological and chemical weapons — WHO guidance, 2nd edn. Geneva: WHO, 2004.
  70. Nuclear Threat Initiative. Available from: http://www.nti.org/country-profiles (last accessed 12 December 2015).
  71. Atlas RM. The medical threat of biological weapons. Crit Rev Microbiol. 1998; (24): 157–68.
  72. Leitenberg M, Zilinskas RA, editors. The Soviet biological weapons program: a history. Cambridge, MA: Harvard University Press; 2012.
  73. Centers for Disease Control and Prevention. Webpage Emergency Preparedness and Response. Specific hazards: Bioterrorism. Available from: http://www.bt.cdc.gov/bioterrorism (last accessed 12 December 2015).
  74. Carus WS. Bioterrorism and biocrimes: the illicit use of biological agents since 1900. February 2001 revision. Washington, DC: Center for Counterproliferation Research, National Defense University. 2001. Available from: http://www.fas.org/irp/threat/cbw/carus.pdf (last accessed 12 December 2015).
  75. Ackermann GA, Moran KS. Bioterrorism and threat assessment. Weapons of Mass Destruction Commission. 2004. Available from: www.blixassociates.com/wp-content/uploads/2011/03/No22.pdf (last accessed 12 December 2015).
  76. Dando M. Bioterrorism: what is the real threat? Science and Technology Report No. 3. UK Global Health Policy Programme. London: The Nuffield Trust, 2005.
  77. Kolavic SA, Kimura A, Simons SL, et al. An outbreak of Shigella dysenteriae Type 2 among laboratory workers due to intentional food contamination. JAMA. 1997; (278): 396–8.
  78. Wheelis M, Casagrande R, Madden LV. Biological attack on agriculture: low-tech, high-impact bioterrorism. Bioscience. 2002; (52): 569–76.
  79. Bourn J. The 2001 Outbreak of Foot and Mouth Disease. Report by the Comptroller and Auditor General, HC 939 Session 2001–2002. London, UK, National Audit Office. 2002. Available from: www.nao.gov.uk (last accessed 12 December 2015).
  80. Meuwissen MPM, Van Boven M, Hagenaars TJ, et al. Predicting future costs of high-pathogenicity avian influenza epidemics: large versus small uncertainties. NJAS. 2006; (52): 195–205.
  81. Schmitt K, Zacchia NA. Total decontamination cost of the anthrax letter attacks. Biosecur Bioterror. 2012; (10): 1–10.
  82. Gibson DG1, Glass JI, Lartigue C, Noskov VN, Chuang RY, Algire MA, et al. Creation of a bacterial cell controlled by a chemically synthesized genome. Science. 2010 Jul 2; 329 (5987): 52–6. DOI: 10.1126/science.1190719 .
  83. Gibson DG, Venter JC. Synthetic biology: Construction of a yeast chromosome. Nature. 2014 May 8; 509 (7499): 168–9. DOI: 10.1038/509168a.
  84. Hutchison CA, Chuang RY, Noskov VN, Assad-Garcia N, Deerinck TJ, Ellisman MH, et al. Design and synthesis of a minimal bacterial genome. Science. 2016 Mar 25; 351 (6280): aad6253. DOI: 10.1126/science.aad6253.
  85. Boles KS, Kannan K, Gill J, Felderman M, Gouvis H, Hubby B, et al. Digital-to-biological converter for on-demand production of biologics. Nature Biotechnology. 2017; (35): 672–5.