ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
Вестник РГМУ
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Идентификация микроорганизмов с помощью инфракрасных Фурье-спектров
Информация об авторах
1 Институт биохимической физики имени Н. М. Эмануэля РАН, Москва, Россия
2 Национальный медицинский исследовательский центр сердечно-сосудистой хирургии имени А. Н. Бакулева, Москва
3 Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени В. И. Кулакова, Москва, Россия
4 Институт общей генетики имени Н. И. Вавилова РАН, Москва, Россия
5 Московская государственная академия ветеринарной медицины и биотехнологии имени К. И. Скрябина, Москва
Для корреспонденции: Алексей Борисович Шевелев
ул. Косыгина, д. 4, г. Москва, 119334; moc.liamtoh@a_levehs
Статья получена: 01.08.2018
Статья принята к печати: 25.08.2018
Опубликовано online: 29.09.2018
|
Рис. 1. Исходные инфракрасные Фурье-спектры бактериальных патогенов. Слева направо и сверху вниз в единицах пропускания представлены спектры A. baumannii, C. albicans, E. cloacae, E. coli, E. faecalis, E. faecium, K. pneumoniae, P. aeruginosa, S. aureus, S. epidermidis, S. marcescens
Рис. 2. Исходные Фурье-спектры после предобработки: нормализации на среднее и вычисления первой производной. Пунктирными линиями отмечены
границы диапазонов, использовавшихся в анализе: 600, 1800, 2800, 3000 см-1
Рис. 3. Проекция исходных данных на линейный дискриминант (LD), полученный с помощью метода PCA-LDA. Цветами отмечены разные патогены. Для удобства восприятия спектры целевого патогена S. aureus и других разделены по оси абсцисс. Можно заметить, что группы хорошо разделяются по
условию LD > 0
Рис. 4. Коэффициенты линейного дискриминанта, полученного с помощью метода PCA-LDA. Проекции на рис. 3 были получены с помощью этих
коэффициентов. Коэффициенты можно интерпретировать как значимость участков со знаком, указывающим на направление влияния. Например, высокие
значения исходного спектра в областях, где коэффициенты отрицательны, увеличивают вероятность того, что изолят не представляет собой целевой
патоген
Рис. 5. Проекция на линейный дискриминант, разделяющий штаммы S. aureus с фенотипами MSSA и MRSA. Красным отмечены проекции спектров штаммов MSSA, синим MRSA. Группы не разделяются со 100% точностью, однако 80% точек разделяются правильно по условию LD > 0
