ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Опыт применения культурального, масс-спектрометрического и молекулярного методов в исследовании кишечной микробиоты у детей
Информация об авторах
Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва, Россия
Для корреспонденции: Борис Алексеевич Ефимов
ул. Островитянова, д. 1, г. Москва, 117997; ur.liam@ab_vomife
Информация о статье
Финансирование: работа поддержана грантом Российского научного фонда (№ 17-15-01488).
Вклад авторов в работу: Б. А. Ефимов — планирование исследования, анализ литературы, отбор обследуемых детей, сбор биоматериала, микробиологическое исследование, спектрометрическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; А. В. Чаплин — планирование исследования, анализ литературы, выделение бактериальной ДНК, проведение ПЦР, очистка ампликонов для секвенирования, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; С. Р. Соколова — планирование исследования, анализ литературы, сбор биоматериала, микробиологическое исследование, выделение бактериальной ДНК, проведение ПЦР, очистка ампликонов для секвенирования, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; З. А. Черная — планирование исследования, анализ литературы, микробиологическое исследование, спектрометрическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; А. П. Пикина — планирование исследования, анализ литературы, микробиологическое исследование, спектрометрическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; А. М. Савилова — анализ литературы, микробиологическое исследование, подготовка черновика рукописи; Л. И. Кафарская — планирование исследования, анализ литературы, отбор обследуемых детей, микробиологическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи.
Статья получена: 27.06.2019
Статья принята к печати: 12.07.2019
Опубликовано online: 09.08.2019
|
Таблица 1. Видовая принадлежность культивируемых бактерий типа Actinobacteria кишечной микрофлоры, выделенных от здоровых детей (n = 20)
Примечание (в этой таблице и в табл. 2–5): а Частота наблюдений (абсолютное число детей в %); b Среднее значение ± стандартное отклонение log10 числа жизнеспособных микроорганизмов в 1 г испражнений (КОЕ/г — колониеобразующих единиц в 1 г испражнений); c */* — группа филогенетически близких микроорганизмов, принадлежность к которой установлена методом MALDI TOF MS при помощи прибора Vitek MS Plus и программы Saramis Premium V. 4.10; d Меньшее и большее значение показателя log10 числа жизнеспособных микроорганизмов, в случае если они были обнаружены только у двух обследованных детей в группе; e Названия питательных сред, которые были использованы для выделения и учета соответствующих видов микроорганизмов. SAA — Schaedler Anaerobe Agar; ABA — Anaerobe Basal Agar; CA — Columbia Agar; BA — Bifidobacterium Agar; PAB — Perfringens Agar Base; MRS — Lactobacillus MRS Agar; EA — Endo Agar; SSA — Salmonella–Shigella-Agar; GMSA — Gelatin Mannitol Salt Agar (Stаphylococcus Agar # 110); mEA — mEnterococcus Agar; CAa — Columbia Agar, чашки с которым инкубировали аэробно; SC2A — Sabouraud Chloramphenicol 2 Agar.
Таблица 2. Видовая принадлежность культивируемых бактерий типа Firmicutes кишечной микрофлоры, выделенных от здоровых детей (n = 20)
Таблица 3. Видовая принадлежность культивируемых бактерий типа Bacteroidetes кишечной микрофлоры, выделенных от здоровых детей (n = 20)
Таблица 4. Видовая принадлежность культивируемых бактерий типа Proteobacteria кишечной микрофлоры, выделенных от здоровых детей (n = 20)
Таблица 5. Видовая принадлежность грибов порядка Saccharomycetales кишечной микрофлоры, выделенных от здоровых детей (n = 20)
Таблица 6. Новые филотипы кишечных бактерий, выделенные от здоровых детей, и значения уровней гомологии нуклеотидной последовательности их 16S рДНК с той же последовательностью типовых штаммов ближайших валидированных в соответствии с правилами International Code of Nomenclature of Bacteria (Bacteriological Code) видов.
