2019 / 04

Следующая статья
DOI: 10.24075/vrgmu.2019.048

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Опыт применения культурального, масс-спектрометрического и молекулярного методов в исследовании кишечной микробиоты у детей

Б. А. Ефимов, А. В. Чаплин, С. Р. Соколова, З. А. Черная, А. П. Пикина, А. М. Савилова, Л. И. Кафарская
Информация об авторах

Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва, Россия

Для корреспонденции: Борис Алексеевич Ефимов
ул. Островитянова, д. 1, г. Москва, 117997; ur.liam@ab_vomife

Информация о статье

Финансирование: работа поддержана грантом Российского научного фонда (№ 17-15-01488).

Вклад авторов в работу: Б. А. Ефимов — планирование исследования, анализ литературы, отбор обследуемых детей, сбор биоматериала, микробиологическое исследование, спектрометрическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; А. В. Чаплин — планирование исследования, анализ литературы, выделение бактериальной ДНК, проведение ПЦР, очистка ампликонов для секвенирования, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; С. Р. Соколова — планирование исследования, анализ литературы, сбор биоматериала, микробиологическое исследование, выделение бактериальной ДНК, проведение ПЦР, очистка ампликонов для секвенирования, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; З. А. Черная — планирование исследования, анализ литературы, микробиологическое исследование, спектрометрическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; А. П. Пикина — планирование исследования, анализ литературы, микробиологическое исследование, спектрометрическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; А. М. Савилова — анализ литературы, микробиологическое исследование, подготовка черновика рукописи; Л. И. Кафарская — планирование исследования, анализ литературы, отбор обследуемых детей, микробиологическое исследование, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи.

Статья получена: 27.06.2019 Статья принята к печати: 12.07.2019 Опубликовано online: 09.08.2019
|
  1. Mailhe M, Ricaboni D, Vitton V, Gonzalez JM, Bachar D, Dubourg G, et al. Repertoire of the gut microbiota from stomach to colon using culturomics and next-generation sequencing. BMC Microbiol. 2018; (18): 157.
  2. Atanu A, Mojibur RK. An insight into gut microbiota and its functionalities. Cellular and Molecular Life Sciences. 2019; (76): 473–93.
  3. Hayashi H, Sakamoto M, Benno Y. Phylogenetic analysis of the human gut microbiota using 16S rDNA clone libraries and strictly anaerobic culture-based methods. Microbiol Immunol. 2002; 46 (8): 535–48.
  4. Lagier J-C, Khelaifia S, Alou MT, Ndongo S, Dione N, Hugon P, et al. Culture of previously uncultured members of the human gut microbiota by culturomics. Nature Microbiology. 2016; (1): 16203.
  5. Shkoporov AN, Hill C. Bacteriophages of the Human Gut: The "Known Unknown" of the Microbiome. Cell Host Microbe. 2019; 25 (2): 195–209.
  6. Vandeputte D, Kathagen G, D’hoe K, Vieira-Silva S, Valles-Colomer M, Sabino J, et al. Quantitative microbiome profiling links gut community variation to microbial load. Nature. 2017; (551): 507–11.
  7. Tanoue T, Morita S, Plichta DR. A defined commensal consortium elicits CD8 T cells and anti-cancer immunity. Nature. 2019; (565): 600–05.
  8. Шкопоров А. Н., Ефимов Б. А., Хохлова Е. В., Черная З. А., Постникова Е. А., Белкова М. Д. Влияние приема пробиотических бактерий рода Lactobacillus и Bifidobacterium на состав микрофлоры кишечника у здоровых людей. Техника и технология пищевых производств. 2014; (1): 126–30.
  9. Lagier JC, Dubourg G, Million M, Cadoret F, Bilen M, Fenollar F, et al. Culturing the human microbiota and culturomics. Nat Rev Microbiol. 2018; (1): 540–50.
  10. Rychert J, Burnham CA, Bythrow M, Garner OB, Ginocchio CC, Jennemann R, et al. Multicenter evaluation of the Vitek MS matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry system for identification of Gram-positive aerobic bacteria. J Clin Microbiol. 2013; 51 (7): 2225–31.
  11. McMullen AR, Wallace MA, Pincus DH, Wilkey K, Burnham CA. Evaluation of the Vitek MS matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight mass spectrometry system for identification of clinically relevant filamentous fungi. J Clin Microbiol. 2016; (54): 2068–73.
  12. Shkoporov AN, Khokhlova EV, Kulagina EV, Smeianov VV, Kafarskaia LI, Efimov BA. Application of several molecular techniques to study numerically predominant Bifidobacterium spp. and Bacteroidales order strains in the feces of healthy children. Biosci Biotechnol Biochem. 2008; 72 (3): 742–8.
  13. Чаплин А. В., Бржозовский А. Г., Парфёнова Т. В., Кафарская Л. И., Володин Н. Н., Шкопоров А. Н. и др. Изучение видового разнообразия бактерий рода Bifidobacterium кишечной микрофлоры с использованием метода MALDI-TOF масс- спектрометрии. Вестник РАМН. 2015; 70 (4): 435–40.
  14. Stackebrandt E, Ebers J. Taxonomic parameters revisited: tarnished gold standards. Microbiol Today. 2006; (8): 6–9.
  15. Bezdek JC, Hathaway RJ. VAT: A Tool for Visual Assessment of Cluster Tendency. In: Proceedings of the 2002 International Joint Conference Neural Networks. 2002; (3): 2225–30.
  16. Fitzgerald CB, Shkoporov AN, Sutton TDS, Chaplin AV, Velayudhan V, Ross RP, et al. Comparative analysis of Faecalibacterium prausnitzii genomes shows a high level of genome plasticity and warrants separation into new species-level taxa. BMC Genomics. 2018; 19 (1): 931.
  17. Yatsunenko T, Rey FE, Manary MJ, Trehan I, Dominguez-Bello MG, Contreras M, et al. Human gut microbiome viewed across age and geography. Nature. 2012; 486 (7402): 222–7.
  18. De Meij TGJ, Budding AE, De Groot EFJ, Jansen FM, Kneepkens CMF, Benninga MA, et al. Composition and stability of intestinal microbiota of healthy children within a Dutch population. FASEB J. 2016; 30 (4): 1512–22.
  19. Qin J, Li R, Raes J, Arumugam M, Burgdorf KS, Manichanh C, et al. MetaHIT Consortium A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010; (464): 59–65.
  20. Browne HP, Forster SC, Anonye BO. Culturing of 'unculturable' human microbiota reveals novel taxa and extensive sporulation. Nature. 2016; 533 (7604): 543–6.
  21. Brook I. Clostridial Infections in Children: Spectrum and Management. Curr Infect Dis Rep. 2015; (17): 47.
  22. Chia JH, Feng Y, Su LH, Wu TL, Chen CL, Liang Y-H, et al. Clostridium innocuum is a significant vancomycin-resistant pathogen for extraintestinal clostridial infection Clinical Microbiology and Infection. 2017; (23): 560–6.
  23. The Human Microbiome Project Consortium. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome. Nature. 2012; 486 (7402): 207–14.
  24. Efimov BA, Chaplin AV, Shcherbakova VA, Suzina NE, Podoprigora IV, Shkoporov AN. Prevotella rara sp. nov., isolated from human faeces. Int J Syst Evol Microbiol. 2018; 68 (12): 3818–25.
  25. Shankar V, Gouda M, Moncivaiz J, Gordon A, Reo NV, Hussein L, et al. Differences in Gut Metabolites and Microbial Composition and Functions between Egyptian and U.S. Children Are Consistent with Their Diets. mSystems. 2017; 2 (1): e00169–16.
  26. Arumugam M, Raes J, Pelletier E, Le Paslier D, Yamada T, Mende DR, et al. Enterotypes of the human gut microbiome. Nature. 2011; 473 (7346): 174–80.