2020 / 05

Следующая статья
DOI: 10.24075/vrgmu.2020.064

ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Микробиота эякулята: кластерный анализ результатов, полученных при исследовании методом ПЦР-РВ

Е. С. Ворошилина1,2, Д. Л. Зорников1, А. В. Иванов3,4, Д. Г. Почерников5, Е. А. Паначева1,2
Информация об авторах

1 Уральский государственный медицинский университет, Екатеринбург, Россия

2 Медицинский центр «Гармония», Екатеринбург, Россия

3 Уральский федеральный университет имени первого Президента России Б. Н. Ельцина, Екатеринбург, Россия

4 Институт математики и механики имени Н. Н. Красовского Уральского отделения Российской академии наук, Екатеринбург, Россия

5 Ивановская государственная медицинская академия, Иваново, Россия

Для корреспонденции: Екатерина Сергеевна Ворошилина
ул. Фурманова, д. 30, г. Екатеринбург, 620142; moc.liamg@anilihsorov

Информация о статье

Соблюдение этических стандартов: исследование одобрено этическим комитетом Уральского государственного медицинского университета (протокол № 7 от 20 сентября 2019 г.). Все участники исследования подписали добровольное информированное согласие на проведение исследования.

Благодарности: авторы благодарят директора медицинского центра «Гармония» (г. Екатеринбург) В. Н. Хаютина за возможность выполнения исследования на базе центра.

Вклад авторов: Е. С. Ворошилина — организация исследования, анализ данных, написание статьи; Д. Л. Зорников — анализ данных, написание статьи; А. В. Иванов — статистическая обработка, анализ данных, написание статьи; Д. Г. Почерников — клиническая характеристика пациентов, сбор клинических данных, анализ данных, написание статьи; Е. А. Паначева — анализ литературы, проведение ПЦР, анализ данных, написание статьи.

Статья получена: 21.09.2020 Статья принята к печати: 09.10.2020 Опубликовано online: 28.10.2020
|
  1. Baud D, Pattaroni C, Vulliemoz N, Castella V, Marsland BJ, Stojanov M. Sperm Microbiota and Its Impact on Semen Parameters. Front Microbiol. 2019; 10: 234. DOI: 10.3389/fmicb.2019.00234.
  2. Hou D, Zhou X, Zhong X, Settles ML, Herring J, Wang L, et al. Microbiota of the seminal fluid from healthy and infertile men. Fertil Steril. 2013; 100 (5): 1261–9. DOI: 10.1016/j. fertnstert.2013.07.1991.
  3. Liu CM, Osborne BJ, Hungate BA, Liu CM, Osborne BJ, Hungate BA, et al. The semen microbiome and its relationship with local immunology and viral load in HIV infection. PLoS Pathog. 2014; 10 (7): e1004262. DOI: 10.1371/journal.ppat.1004262.
  4. Mändar R, Punab M, Korrovits P, Türk S, Ausmees K, Lapp E, et al. Seminal microbiome in men with and without prostatitis. Int J Urol. 2017; 24 (3): 211–216. DOI: 10.1111/iju.13286.
  5. Weng SL, Chiu CM, Lin FM, Huang WC, Liang C, Yang T, et al. Bacterial communities in semen from men of infertile couples: metagenomic sequencing reveals relationships of seminal microbiota to semen quality. PLoS One. 2014; 9 (10): e110152. DOI: 10.1371/journal.pone.0110152.
  6. Zozaya M, Ferris MJ, Siren JD, Lillis R, Myers L, Nsuami MJ, et al. Bacterial communities in penile skin, male urethra, and vaginas of heterosexual couples with and without bacterial vaginosis. Microbiome. 2016; 4: 16. DOI: 10.1186/s40168-016-0161-6.
  7. Štšepetova J, Baranova J, Simm J, Parm Ü, Rööp T, Sokmann S, et al. The complex microbiome from native semen to embryo culture environment in human in vitro fertilization procedure. Reprod Biol Endocrinol. 2020; 18 (1): 3. DOI: 10.1186/s12958-019-0562-z.
  8. Kiessling AA, Desmarais BM, Yin HZ, Loverde J, Eyre RC. Detection and identification of bacterial DNA in semen. Fertil Steril. 2008; 90 (5): 1744–56. DOI: 10.1016/j.fertnstert.2007.08.083.
  9. Почерников Д. Г., Галкина И. С., Постовойтенко Н. Т., Герасимов А. М. Сравнительный анализ биотопа эякулята и цервикального канала методом ПЦР-РВ с тестами «Андрофлор» и «Фемофлор» в супружеских парах. Вестник Российского государственного медицинского университета. 2017; 2: 37–41.
  10. Ворошилина Е. С., Зорников Д. Л., Паначева Е. А. Сравнительное исследование микробиоты эякулята методом количественной ПЦР и культуральным методом. Вестник Российского государственного медицинского университета. 2019; 1: 44–9.
  11. Почерников Д. Г., Витвицкая Ю. Г., Болдырева М. Н., Галкина И. С. Информативность биоматериала для исследования микробиоты урогенитального тракта мужчин методом ПЦР-РВ (пилотное исследование). Экспериментальная и клиническая урология. 2019; 2: 128–33.
  12. Schuppe HC, Pilatz A, Hossain H, Diemer T, Wagenlehner F, Weidner W. Urogenital Infection as a Risk Factor for Male Infertility. Dtsch Arztebl Int. 2017; 114 (19): 339–46.
  13. Jain AK, Murty MN, Flynn PJ. Data clustering: a review. ACM computing surveys (CSUR). 1999; 31 (3): 264–323.
  14. Arthur D, Vassilvitskii S. K-means++: the advantages of careful seeding. In: Hal Gabow, editor. Proceedings of the Eighteenth Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (Proceedings in Applied Mathematics) 18th ed. Society for Industrial and Applied Mathematics (3 January 2007). P. 1027–1035.
  15. Rousseeuw PJ. Silhouettes: A graphical aid to the interpretation and validation of cluster analysis. J Comput Appl Math. 1987; 20; 53–65.
  16. Davies DL, Bouldin DW. A Cluster Separation Measure. IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence. PAMI- 1. 1979; (2): 224–27.
  17. de Goffau MC, Lager S, Salter SJ, Wagner J, Kronbichler A, Charnock-Jones DS, et al. Recognizing the reagent microbiome. Nat Microbiol. 2018 Aug; 3 (8): 851–3.
  18. Yang H, Zhang J, Xue Z, Zhao C, Lei L, Wen Y, et al. Potential Pathogenic Bacteria in Seminal Microbiota of Patients with Different Types of Dysspermatism. Sci Rep. 2020; 10: 6876.