ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Взаимодействие генофондов русского и финноязычного населения Тверской области: анализ 4 млн SNP-маркеров

Информация об авторах

1 Институт общей генетики имени Н. И. Вавилова, Москва, Россия

2 Медико-генетический научный центр, Москва, Россия

3 Биобанк Северной Евразии, Москва, Россия

4 Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины, Москва, Россия

Для корреспонденции: Олег Павлович Балановский
ул. Губкина, д. 3, г. Москва, 119991; ur.xobni@yksvonalab

Информация о статье

Финансирование: исследование выполнено при финансовой поддержке Министерства науки и образования РФ (Госконтракт # 011–17 от 26.09.2017) в рамках научно-технической программы Союзного государства «ДНК-идентификация» (работы по генотипированию), Государственного задания Министерства науки и высшего образования РФ для Медико-генетического научного центра им. Н. П. Бочкова (биоинформатический анализ данных), гранта Российского фонда фундаментальных исследований № 20-09-00479 а (анализ генеалогической информации, интерпретация результатов, написание текста).

Благодарности: мы благодарим всех доноров образцов, которые принимали участие в данном исследовании, АНО «Биобанк Северной Евразии» за предоставление коллекций ДНК и члена-корреспондента РАН В. В. Напольских за консультации при интерпретации результатов.

Статья получена: 10.10.2020 Статья принята к печати: 27.10.2020 Опубликовано online: 25.11.2020
|
  1. Савинова А. И., Степанова Ю. В. Карельская диаспора южных районов Тверского Поволжья: история формирования и историческая судьба. CARELiCA. 2018; 1 (19): 26–37.
  2. Степанова Ю. В., Савинова А. И. Расселение карел в Верхневолжье в середине — второй половине XVII в.: опыт изучения с применением гис-технологий. Историческая информатика. 2018; 4: 57–72.
  3. Вишневский А. Г, редактор. Переписи населения Российской Империи, СССР, 15 новых независимых государств. Демоскоп Weekly [Internet]. [cited 2020 Oct 9]. Available from: http://www.demoscope.ru/weekly/ssp/census_types.php?ct=6.
  4. Головкин А. Н. История Тверской Карелии. Тверь: Студия-С, 2008; 432 с.
  5. Агджоян А. Т., Дараган Д. М., Схаляхо Р. А., Реутов П. П., Балановский О. П., Балановская Е. В. и др. Возможность сохранения генофонда в диаспоре на примере тверских карел. Генетика. 2018; 54: 91–94.
  6. Rajman I, Knapp L, Morgan T, Masimirembwa C. African Genetic Diversity: Implications for Cytochrome P450-mediated Drug Metabolism and Drug Development. EBioMedicine. 2017; 17: 67–74.
  7. Jing L, Haiyi L, Xiong Y, Dongsheng L, Shilin L, Jin L, et al. Genetic architectures of ADME genes in five Eurasian admixed populations and implications for drug safety and efficacy. Journal of Medical Genetics. 2014; 51 (9): 614–22.
  8. Mirzaev KB, Fedorinov DS, Ivashchenko1 DV, Sychev DA. ADME pharmacogenetics: future outlook for Russia. Pharmacogenomics. 2019; 20 (11): 847–65.
  9. Kidd KK, Speed WC, Pakstis AJ, Furtado MR, Fang R, Madbouly A, et al. Progress toward an efficient panel of SNPs for ancestry inference. Forensic Science International: Genetics. 2014; 10: 23–32.
  10. Nassir R, Kosoyn R, Tian C, White PA, Butler LM, Silva G, et al. An ancestry informative marker set for determining continental origin: validation and extension using human genome diversity panels. BMC Genetics. 2009; 10: 39.
  11. Балановская Е. В., Агджоян А. Т., Чухряева М. И., Маркина Н. В., Балаганская О. А. Балановский О. П. и др. Популяционные биобанки: принципы организации и перспективы применения в геногеографии и персонализированной медицине. Генетика. 2016; (12): 1371–87.
  12. Агджоян А. Т., Схаляхо Р. А., Балаганская О. А., Козлов С. А., Палипана С. Д., Балановский О. П. и др. Генофонд новгородцев: между севером и югом. Генетика. 2017; 53 (11): 1338–48.
  13. Чухряева М. И., Павлова Е. С, Напольских В. В., Гарин Э. В., Балановский О. П., Балановская Е. В. и др. Сохранились ли следы финно-угорского влияния в генофонде русского населения Ярославской области? Свидетельства Y-хромосомы. Генетика. 2017; 53 (3): 378–89.
  14. GG-base [Internet]. [cited 2020 Oct 9]. Available from: https:// www.gg-base.org/.
  15. Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, Thomas L, Ferreira M, Bender D, et al. PLINK: A Tool Set for Whole-Genome Association and Population-Based Linkage Analyses. The American Journal of Human Genetics. 2007; 559–75.
  16. Alexander DH, Novembre J, Lange K. Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals. Genome Research. 2009; (19): 1655–64.
  17. Chang CC, Chow CC, Tellier LC, Vattikuti S, Purcell SM, Lee JJ. Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets. GigaScience. 2015 Feb 25; 4 (7). Available from: DOI: 10.1186/s13742-015-0047-8.
  18. Price A, Patterson N, Plenge R. et al. Principal components analysis corrects for stratification in genome-wide association studies. Nature Genetics. 2006; 38: 904–9.
  19. Patterson N, Price AL, Reich D. Population Structure and Eigenanalysis. PLOS Genetics [Internet]. 2006; 2 (12): e190 [cited 2020 Oct 9]. Available from: https://doi.org/10.1371/journal. pgen.0020190.
  20. McKinney W. Data structures for statistical computing in Python. SciPy 2010: Proceedings of the 9th Python in Science Conference; 2010 Jun 28 – Jul 3. Austin, Texas. Available from: https://conference.scipy.org/proceedings/scipy2010/mckinney. html.
  21. Reback J, McKinney W, jbrockmendel, Augspurger T, Cloud F, Mehyar M, et al. pandas-dev/pandas: Pandas 1.0.3. Version 1.0.3 [software]. Zenodo. 2020 Mar 18 [cited 2020 Oct 9]. Available from: http://doi.org/10.5281/zenodo.3715232.
  22. Hunter JD. Matplotlib: A 2D Graphics Environment. Computing in Science & Engineering. IEEE Xplore. 2007; 9 (3): 90–95.
  23. Waskom M, Botvinnik O, O'Kane D, Hobson P, Lukauskas S, Qalieh A, et al. mwaskom/seaborn: v0.8.1 (September 2017). Version 0.8.1 [software]. Zenodo. 2017 Sep 3 [cited 2020 Oct 9]. Available from: http://doi.org/10.5281/zenodo.883859.
  24. Alexander DH, Novembre J, Lange K. ADMIXTURE Software. Version 1.3.0 [software]. 2020 May 3 [cited 2020 Oct 9]. Available from: http://dalexander.github.io/admixture/index.html.
  25. Patterson N, Moorjani P, Luo Y, Mallick S, Rohland N, Zhan Y, et al. Ancient Admixture in Human History. GENETICS. 2012; 192 (3): 1065–93.
  26. Auton A, Abecasis G, Altshuler D, et al. A global reference for human genetic variation. Nature. 2015; (526): 68–74.