У пациентов с невралгией тройничного нерва (НТН), не отвечающих на фармакотерапию, в качестве альтернативы можно применять ритмическую транскраниальную магнитную стимуляцию (рТМС). Однако эффект рТМС вариабелен. Целью исследования был поиск нейровизуализационных биомаркеров клинической эффективности навигационной рТМС. Семнадцати пациентам с НТН (14 женщин; медиана возраста — 56 лет) проведено 10 сессий высокочастотной рТМС моторной коры полушария, контрлатерального локализации боли. Проводили анализ корреляций функциональной коннективности (ФК) и объема серого вещества головного мозга (СВГМ) со снижением интенсивности боли. Показана положительная корреляция между снижением средней интенсивности боли и объемом СВГМ в области хвостатых ядер (p(unc) = 0,03), мозжечка билатерально (p(unc) = 0,002) и контрлатеральной постцентральной извилине (p(unc) = 0,005); между снижением максимальной интенсивности боли и объемом СВГМ в области хвостатого ядра контрлатерально боли (p(unc) = 0,04) и мозжечка ипсилатерально (p(unc) = 0,03). Продемонстрирована положительная связь снижения средней интенсивности боли с ФК между таламусом (контрлатерально локализации боли) и ипсилатеральной постцентральной извилиной и покрышкой островка (p(FWE) = 0,018), между поясной корой и передними отделами поясной коры ипсилатерально боли (p(FWE) = 0,017), между контрлатеральной паратерминальной извилиной и мозжечком ипсилатерально (p(FWE) = 0,018); отрицательная корреляция для ФК между контрлатеральной скорлупой и затылочными долями обоих полушарий (p(FWE) = 0,001). Полученные результаты могут стать предпосылкой к разработке индивидуальных предикторов эффективности рТМС у пациентов с хроническими болевыми синдромами.