ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Влияние субингибирующих концентраций G4-стабилизирующих лигандов на транскриптомный профиль Mycobacterium smegmatis
Информация об авторах
Федеральный научно-клинический центр физико-химической медицины Федерального медико-биологического агентства, Москва, Россия
Для корреспонденции: Егор Александрович Шитиков
ул. Малая Пироговская, д. 1а, г. Москва, 119435, Россия; ur.liam@vokitihse
Информация о статье
Финансирование: исследование выполнено за счет гранта Российского научного фонда (проект №19-75-10109).
Вклад авторов: М. В. Зайчикова — анализ литературы, анализ и интерпретация данных, подготовка черновика рукописи; Д. А. Беспятых — анализ литературы, анализ данных, подготовка черновика рукописи; М. В. Малахова — планирование и проведение исследования; И. Н. Бодоев — анализ литературы, анализ данных, подготовка черновика рукописи; Т. С. Ведехина — проведение исследования, интерпретация данных; В. А. Веселовский — проведение исследования, анализ данных; К. М. Климина — проведение исследования, анализ и интерпретация данных; А. М. Варижук — планирование и проведение исследования, интерпретация данных; E. A. Шитиков — планирование исследования, анализ литературы, анализ данных, подготовка черновика рукописи.
Статья получена: 08.04.2022
Статья принята к печати: 30.04.2022
Опубликовано online: 15.05.2022
|
Рис. 1. Структурные формулы лигандов BRACO-19 и TMPyP4
Рис. 2. Различия в уровнях транскрипции между образцами Mycobacterium smegmatis, обработанными BRACO-19 и TMPyP4. A. Метод главных компонент показывает корреляцию уровней экспрессии генов в пяти разных условиях (обозначены разными цветами). Б. Диаграммы Венна показывают число пересекающихся генов, регулируемых присутствием соединений BRACO-19 и TMPyP4 в разных концентрациях
Рис. 3. Коробчатая диаграмма, показывающая различия в экспрессии генов, содержащих PQS, между контролем, при воздействии BRACO-19 и при воздействии TMPyP4. Число генов с PQS (n) не включает гены с низким количеством CPM (Counts Per Million), в случае межгенных участков включены оба гена. В рамке показаны верхний и нижний квартили, а линия внутри рамки показывает медиану. Черная точка указывает среднее значение. Games-Howell post hoc тест был использован для вычисления значения p
Рис. 4. График средней разницы (MD-plot) между уровнем изменения экспрессии (log2 FC) и средней экспрессией (log2 CPM) в генах, ассоциированных с потенциальными квадруплексами
Рис. 5. GO-категории и KEGG-пути, обогащенные в образцах под действием различных концентраций BRACO-19 и TMPyP4. GO:0006810 — транспорт; GO:0006526 — биосинтез аргинина; GO:0006351 — ДНК-опосредованная транскрипция; msm02010 — ABC-транспортеры; msm01053 — биосинтез нерибосомных пептидов группы сидерофоров; msm00920 — метаболизм серы
Таблица. Изменение уровня экспрессии генов системы репликации и репарации M. smegmatis под действием BRACO-19 и TMPyP4
Примечание: * — жирным выделены изменения экспрессии, которые отвечают следующим критериям: изменение более чем в два раза и FDR < 0,05.
