Технология интерфейс мозг–компьютер на волне P300 (ИМК-P300) позволяет пользователю выбирать команды при фокусировании на них внимания. Это возможно за счет регистрации в ЭЭГ потенциалов, связанных с событиями (ПСС), возникающих в ответ на многократно повторяемые внешние стимулы. Традиционно при выделении и анализе ПСС полагают, что реакции на отдельные стимулы идентичны, хотя в нейрофизиологии известен феномен вариативности во времени возникновения таких реакций. Поэтому есть предпосылки считать, что непринятие во внимание вариативности ПСС в ряде случаев может снижать наблюдаемые в эксперименте эффекты, а также точность работы ИМК. Целью работы было изучить эффекты вариативности ЭЭГ-реакций внимания пользователя к стимульным командам в ИМК-P300 и выявить возможности учета этих эффектов при классификации команд в интерфейсе. Здоровым испытуемым 21–22 лет (n = 12) необходимо было реагировать на целевые стимулы в модифицированной нами стимульной матрице ИМК-P300, которая могла двигаться с различными параметрами в пределах рабочего поля. В исследовании показано, что эффект вариативности ПСС присутствует в технологии ИМК-P300, а использованный метод коррекции латентности пиков в единичных реакциях привел к увеличению амплитуды компонентов ПСС в 1,5–2 раза, а также повышению точности классификации с 71–78% до 92–95% (p < 0,0005). Вариативность и повышение классификации после коррекции латентности были выше в более требовательном по ресурсам внимания режиме с наибольшей скоростью движения стимульной матрицы. В целом результаты показывают важность учета вариативности компонентов ПСС в ИМК-P300 для создания более эффективных систем нейроуправления.