Разработка новых методов ранней диагностики и исхода стоматологических заболеваний по концентрации различных ионов в ротовой жидкости является перспективным направлением. По составу ротовой жидкости можно оценивать состояние не только стоматологического здоровья, но и всего организма в целом. Превышение концентрации фторид-ионов оказывает негативное влияние на органы и ткани полости рта, а контроль за его поступлением в организм врачами не проводится. Целью исследования было разработать и апробировать методику определения фторид-ионов в ротовой жидкости методом капиллярного электрофореза при стоматологических заболеваниях. Получены данные о концентрации фторид-ионов в норме (2,16 ± 0,48 мг/л), при множественном кариесе и остром перикороните (18,9 ± 4,2 мг/л), остром перикороните (15,2 ± 2,7 мг/л). На третьи сутки после оперативного вмешательства значения в группе с острым перикоронитом пришли в норму (2,28 ± 0,52 мг/л), при множественном кариесе и остром перикороните, даже после хирурического вмешательства, остались высокими (8,7 ± 1,9 мг/л; р < 0,0001). Разработанная методика эффективна для изучения концентрации фторид-ионов при изолированных и сочетанных стоматологических заболеваниях.