Рак молочной железы — ведущая причина смерти от рака среди женщин во всем мире. Опухолеассоциированные макрофаги (ОАМ) представляют собой основной компонент иммунных клеток в ткани при раке молочной железы. Новые подходы к лечению направлены на редактирование эпигенома ОАМ. Для изучения изменений в клетках иммунной системы при репрограммировании необходимы точные методы анализа метаболома. Целью исследования было создать на базе ВЭЖХ-МС/МС аналитический подход для определения особенностей метаболома иммунных клеток человека (ОАМ и моноцитов). Липидные экстракты анализировали на жидкостном хроматографе Dionex UltiMate 3000, соединенном с масс-анализатором Maxis Impact qTOF с ЭРИ источником ионов. Для количественного анализа 38 аминокислот в клетках использовали набор Jasem Amino Acids LC-MS/MS Analysis Kit и хроматографическую систему ВЭЖХ-МС/МС, состоящую из тройного квадрупольного масс-спектрометрического детектора Agilent 6460 (Agilent) и жидкостного хроматографа Agilent 1260 II (Agilent) с колонкой Amino acids-HPLC Column (Jasem). Модифицированный метод Фолча с двойной экстракцией позволяет одновременно выделить экстракт липидов и водорастворимых веществ, в частности аминокислот. Наиболее информативные данные о липидном составе клеток были получены методом обращенно-фазовой хроматографии по сравнению с гидрофильной хроматографией (HILIC). Для определения метаболома клеток иммунной системы (ОАМ и моноциты) минимальное число клеток оказалось равным 2 млн. Таким образом, разработан подход для определения особенностей липидного и аминокислотного состава ОАМ и моноцитов пациентов с раком молочной железы.