2022 / 05

Следующая статья
DOI: 10.24075/vrgmu.2022.049

МЕТОД

Методика определения метаболомного профиля опухолеассоциированных макрофагов и моноцитов при онкологических заболеваниях

В. Е. Франкевич1,2,3, А. В. Новоселова1, Н. Л. Стародубцева1, М. Р. Патышева2,4, И. В. Ларионова2,3,4, М. А. Ракина2, О. Д. Брагина4, Ю. Г. Кжышковска2,3,5,6
Информация об авторах

1 Национальный медицинский исследовательский центр акушерства, гинекологии и перинатологии имени В. И. Кулакова, Москва, Россия

2 Лаборатория трансляционной клеточной и молекулярной биомедицины, Национальный исследовательский томский государственный университет, Томск, Россия

3 Лаборатория генетических технологий, Сибирский государственный медицинский университет, Томск, Россия

4 Научно-исследовательский институт онкологии, Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук, Томск, Россия

5 Институт Трансфузионной медицины и иммунологии, медицинский факультет Маннгейм, университет Гейдельберга, Германия

6 Германский Красный Крест Служба крови Баден-Вюртемберг-Гессен, Маннгейм, Германия

Для корреспонденции: Владимир Евгеньевич Франкевич
ул. Академика Опарина, д. 4, г. Москва, 117997; moc.liamg@hciveknarfv

Информация о статье

Финансирование: исследование выполнено при финансовой поддержке Российской Федерации в лице Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (соглашение от 29 сентября 2021 г. № 075-15-2021-1073 на тему: «Генетическое и эпигенетическое редактирование клеток опухоли и микроокружения с целью блокировки метастазирования»).

Вклад авторов: В. Е. Франкевич — планирование исследования, обсуждение результатов, редактирование рукописи; А. В. Новоселова — пробоподготовка, проведение ВЭЖХ-МС/МС; Н. Л. Стародубцева — анализ ВЭЖХ-МС/МС данных, написание и редактирование рукописи; М. Р. Патышева, И. В. Ларионова — подготовка и характеристика образцов моноцитов и макрофагов, постановка модельной системы ОАМ, обсуждение результатов; М. А. Ракина — получение кондиционных сред клеточных линий РМЖ; О. Д. Брагина — подбор и клиническая характеристика онкологических пациентов, Ю. Г. Кжышковска — планирование исследования, редактирование рукописи.

Соблюдение этических стандартов: исследование одобрено этическим комитетом ФГБОУ ВО СИБГМУ Минздрава России (протокол № 7 от 14 января 2017 г.), федеральных законов Российской Федерации (№ 152, 323 и др.) и Хельсинкской декларации 1964 г.

Статья получена: 22.08.2022 Статья принята к печати: 13.09.2022 Опубликовано online: 13.10.2022
|
  1. Fitzmaurice C, Allen C, Barber RM, Barregard L, Bhutta ZA, Brenner H, et al. Global, regional, and national cancer incidence, mortality, years of life lost, years lived with disability, and disabilityadjusted life-years for 32 cancer groups, 1990 to 2015: a systematic analysis for the global burden of disease study. JAMA Oncol. 2017; 3: 524–48.
  2. Riabov V, Gudima A, Wang N, Mickley A, Orekhov A, Kzhyshkowska J. Role of tumor associated macrophages in tumor angiogenesis and lymphangiogenesis. Front Physiol. 2014; 5 (75).
  3. Lewis CE, Harney AS, Pollard JW. The multifaceted role of perivascular macrophages in tumors. Cancer Cell. 2016; 30: 18–25.
  4. Larionova I, Kazakova E, Gerashchenko T, Kzhyshkowska J. New Angiogenic Regulators Produced by TAMs: Perspective for Targeting Tumor Angiogenesis. Cancers. 2021; 13: 3253.
  5. Riabov V, Yin S, Song B, Avdic A, Schledzewski K, Ovsiy I, et al. Stabilin-1 is expressed in human breast cancer and supports tumor growth in mammary adenocarcinoma mouse model. Oncotarget. 2016; 7: 31097.
  6. Larionova I, Tuguzbaeva G, Ponomaryova A, Stakheyeva M, Cherdyntseva N, Pavlov V, Choinzonov E and Kzhyshkowska J Tumor-Associated Macrophages in Human Breast, Colorectal, Lung, Ovarian and Prostate Cancers. Front Oncol. 2020; 10: 566511.
  7. Ding M, Fu X, Tan H, Wang R, Chen Z, Ding S. The effect of vascular endothelial growth factor C expression in tumorassociated macrophages on lymphangiogenesis and lymphatic metastasis in breast cancer. Mol Med Rep. 2012; 6: 1023–9.
  8. Mitrofanova I, Zavyalova M, Telegina N, Buldakov M, Riabov V, Cherdyntseva N, et al. Tumor-associated macrophages in human breast cancer parenchyma negatively correlate with lymphatic metastasis after neoadjuvant chemotherapy. Immunobiology. 2017; 222: 101–9.
  9. Rhee I. Diverse macrophages polarization in tumor microenvironment. Arch Pharm Res. 2016; 39: 1588–96.
  10. Liu T, Larionova I, Litviakov N, Riabov V, Zavyalova M, Tsyganov M, et al. Tumor-associated macrophages in human breast cancer produce new monocyte attracting and pro-angiogenic factor YKL-39 indicative for increased metastasis after neoadjuvant chemotherapy. Oncoimmunology. 2018; 7 (6): e1436922.
  11. Larionova I, Kazakova E, Patysheva M, Kzhyshkowska J. Transcriptional, Epigenetic and Metabolic Programming of TumorAssociated Macrophages. Cancers. 2020; 12 (6): 1411.
  12. Larionova I, Cherdyntseva N, Liu T, Patysheva M, Rakina M, Kzhyshkowska J. Interaction of tumor-associated macrophages and cancer chemotherapy. Oncoimmunology. 2019; 8 (7): e1596004.
  13. Riabov V, Salazar F, Htwe SS, Gudima A, Schmuttermaier C, Barthes J, et al. Generation of anti-inflammatory macrophages for implants and regenerative medicine using self-standing release systems with a phenotype-fixing cytokine cocktail formulation. Acta biomaterialia. 2017; 53: 389–98.
  14. Nguyen A, Rudge SA, Zhang Q, Wakelam MJ. Using lipidomics analysis to determine signalling and metabolic changes in cells. Curr Opin Biotechnol. 2017; 43: 96–103.
  15. Cífková E, Holčapek M, Lísa M, Vrána D, Gatěk J, Melichar B. Determination of lipidomic differences between human breast cancer and surrounding normal tissues using HILIC-HPLC/ESIMS and multivariate data analysis. Anal Bioanal Chem. 2015; 407 (3): 991–1002.
  16. Folch J. Simple method for the isolation and purification of total lipides from animal tissues. J Biol Chem. 1957; 226 (1): 497–509.
  17. Husen P, Tarasov K, Katafiasz M, Sokol E, Vogt J, Baumgart J, et al. Analysis of Lipid Experiments (ALEX): A Software Framework for Analysis of High-Resolution Shotgun Lipidomics Data. PLoS One. 2013; 8 (11): e79736.
  18. Cifkova E, Holcapek M, Lisa M. Nontargeted lipidomic characterization of porcine organs using hydrophilic interaction liquid chromatography and off-line two-dimensional liquid chromatography-electrospray ionization mass spectrometry. Lipids. 2013; 48 (9): 915–28.
  19. Li M, Yang L, Bai Y, Liu H. Analytical Methods in Lipidomics and Their Applications. Anal Chem. 2014; 86 (1): 161–75.
  20. Koelmel JP, Kroeger NM, Ulmer CZ, Bowden JA, Patterson RE, Cochran JA, et al. LipidMatch: An automated workflow for rulebased lipid identification using untargeted high-resolution tandem mass spectrometry data. BMC Bioinformatics. 2017; 18 (1): 1–11.
  21. Токарева А. О., Чаговец В. В., Кононихин А. С., Стародубцева Н. Л., Франкевич В. Е., Николаев Е. Н.. Алгоритм обработки массспектрометрических данных для получения диагностической панели молекулярных соединений на примере поиска маркеров метастазирования при раке молочной железы. Biomedical Chemistry: Research and Methods. 2021; 4 (3): e00156
  22. Tokareva AO, Chagovets VV, Kononikhin AS, Starodubtseva NL, Nikolaev EN, Frankevich VE. Normalization methods for reducing interbatch effect without quality control samples in liquid chromatography-mass spectrometry-based studies. Anal Bioanal Chem. 2021; 413 (13): 3479–86.
  23. Tokareva AO, Chagovets VV, Starodubtseva NL, Nazarova NM, Nekrasova ME, Kononikhin AS, et al. Feature selection for OPLSDA discriminant analysis of cancer tissue lipidomics data. JMS. 2019; 55 (1): e4457.
  24. Han X, Yang J, Cheng H, Yang K, Abendschein DR, Gross RW. Shotgun lipidomics identifies cardiolipin depletion in diabetic myocardium linking altered substrate utilization with mitochondrial dysfunction. Biochemistry. 2005; 44 (50): 16684–94.