ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ

Определение прогностически значимой сигнатуры ДНК-метилирования у пациенток с различными типами рака молочной железы

А. И. Калинкин1, В. О. Сигин1, М. В. Немцова1,2, В. В. Стрельников1,3
Информация об авторах

1 Медико-генетический научный центр имени Н. П. Бочкова, Москва, Россия

2 Первый Московский государственный медицинский университет имени И. М. Сеченова (Сеченовский Университет), Москва, Россия

3 Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва, Россия

Для корреспонденции: Алексей Игоревич Калинкин
ул. Москворечье, д. 1, г. Москва, 115522; ur.xednay@2akiexela

Информация о статье

Финансирование: работа выполнена при финансовой поддержке Министерства науки и высшего образования Российской Федерации в рамках Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий на 2019–2027 годы (соглашение № 075-15-2021-1073).

Вклад авторов: А. И. Калинкин — дизайн исследования, сбор, анализ и интерпретация данных, написание статьи; В. О. Сигин — написание статьи; М. В Немцова — концепция и дизайн исследования; В. В. Стрельников — концепция и дизайн исследования, научное редактирование.

Статья получена: 18.10.2022 Статья принята к печати: 11.11.2022 Опубликовано online: 25.11.2022
|

Рак молочной железы (РМЖ) — наиболее часто диагностируемое онкологическое заболевание и одна из ведущих причин смертности среди женского населения. Разработка прогностических моделей с использованием мультиомиксных данных является главной целью прецизионной онкологии. Аберрантное метилирование ДНК в РМЖ представляет собой информативный маркер канцерогенеза. Несмотря на существующие факторы прогноза РМЖ, введение маркеров метилирования позволит получать более точную прогностическую оценку. Целью работы было изучить сигнатуры метилирования ДНК в различных подтипах РМЖ для клинических конечных точек и клинико-патологических характеристик пациенток. Данные об уровнях метилирования CpG-динуклеотидов (зондов) и клинические характеристики образцов РМЖ были получены из базы данных The Cancer Genome Atlas Breast Cancer. С помощью метода одномерной регрессии Кокса были выбраны CpG-динуклеотиды, ассоциированные с выбранными конечными точками. Методом LASSO осуществляли поиск стабильных зондов, а дальнейшее построение сигнатур и независимость клинических характеристик выполняли с помощью многофакторной регрессии Кокса. Диагностический и прогностический потенциал сигнатур оценивали с помощью метода ROC-анализа и кривых Каплан–Майера. Показано, что сигнатуры отобранных зондов обладают значимым диагностическим (AUC от 0,76 до 1) и прогностическим (p < 0,05) потенциалом. С помощью данного подхода удалось идентифицировать 47 генов, связанных с хорошим и плохим прогнозом, из которых пять уже были описаны ранее. При наличии результатов широкогеномного анализа ДНК примененный исследовательский подход можно использовать для изучения не только молекулярного патогенеза РМЖ, но и для других заболеваний.

Ключевые слова: рак молочной железы, метилирование ДНК, молекулярные подтипы, выживаемость, прогностические маркеры

КОММЕНТАРИИ (0)