Рак молочной железы (РМЖ) — наиболее часто диагностируемое онкологическое заболевание и одна из ведущих причин смертности среди женского населения. Разработка прогностических моделей с использованием мультиомиксных данных является главной целью прецизионной онкологии. Аберрантное метилирование ДНК в РМЖ представляет собой информативный маркер канцерогенеза. Несмотря на существующие факторы прогноза РМЖ, введение маркеров метилирования позволит получать более точную прогностическую оценку. Целью работы было изучить сигнатуры метилирования ДНК в различных подтипах РМЖ для клинических конечных точек и клинико-патологических характеристик пациенток. Данные об уровнях метилирования CpG-динуклеотидов (зондов) и клинические характеристики образцов РМЖ были получены из базы данных The Cancer Genome Atlas Breast Cancer. С помощью метода одномерной регрессии Кокса были выбраны CpG-динуклеотиды, ассоциированные с выбранными конечными точками. Методом LASSO осуществляли поиск стабильных зондов, а дальнейшее построение сигнатур и независимость клинических характеристик выполняли с помощью многофакторной регрессии Кокса. Диагностический и прогностический потенциал сигнатур оценивали с помощью метода ROC-анализа и кривых Каплан–Майера. Показано, что сигнатуры отобранных зондов обладают значимым диагностическим (AUC от 0,76 до 1) и прогностическим (p < 0,05) потенциалом. С помощью данного подхода удалось идентифицировать 47 генов, связанных с хорошим и плохим прогнозом, из которых пять уже были описаны ранее. При наличии результатов широкогеномного анализа ДНК примененный исследовательский подход можно использовать для изучения не только молекулярного патогенеза РМЖ, но и для других заболеваний.