ISSN Print 2070–7320
ISSN Online 2070–7339
НАУЧНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ЖУРНАЛ РНИМУ ИМЕНИ Н. И. ПИРОГОВА
ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ
Определение прогностически значимой сигнатуры ДНК-метилирования у пациенток с различными типами рака молочной железы
Информация об авторах
1 Медико-генетический научный центр имени Н. П. Бочкова, Москва, Россия
2 Первый Московский государственный медицинский университет имени И. М. Сеченова (Сеченовский Университет), Москва, Россия
3 Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва, Россия
Для корреспонденции: Алексей Игоревич Калинкин
ул. Москворечье, д. 1, г. Москва, 115522; ur.xednay@2akiexela
Информация о статье
Финансирование: работа выполнена при финансовой поддержке Министерства науки и высшего образования Российской Федерации в рамках Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий на 2019–2027 годы (соглашение № 075-15-2021-1073).
Вклад авторов: А. И. Калинкин — дизайн исследования, сбор, анализ и интерпретация данных, написание статьи; В. О. Сигин — написание статьи; М. В Немцова — концепция и дизайн исследования; В. В. Стрельников — концепция и дизайн исследования, научное редактирование.
Статья получена: 18.10.2022
Статья принята к печати: 11.11.2022
Опубликовано online: 25.11.2022
|
Рис. 1. Кривые cvROC (cross-validated receiver operative curve; на каждом этапе кросс-валидации строится ROC-кривая и в результате — результирующая средняя ROC-кривая ) для лучших сигнатур. По оси абсцисс показана чувствительность (от 0 до 1), по оси ординат — специфичность (от 0 до 1), по строкам — типы выживаемости, по столбцам — молекулярные подтипы РМЖ
Рис. 2. Кривые Каплан–Мейера для лучших сигнатур. По оси ординат показано время в годах, по оси абсцисс — вероятность жизни (от 0 до 1). Красным цветом указан высокий риск летального исхода, прогрессирования или рецидива, бирюзовым — низкий риск летального исхода, прогрессирования или рецидива. По строкам обозначены типы выживаемости, по столбцам — молекулярные подтипы РМЖ
Таблица 1. Клинико-патологические характеристики и данные о статусе клинических конечных точек для пациенток с LumAB, ТН РМЖ и HER2-обогащенным молекулярными подтипами РМЖ из открытого источника TCGA-BRCA
Таблица 2. Суммарное количество сигнатур и CpG-пары, полученные в результате LASSO регрессии Кокса для каждого типа выживаемости и молекулярного подтипа РМЖ. Для некоторых CpG-пар не удалось установить принадлежность к гену
Таблица 3. Лучшая сигнатура, количество зондов в сигнатуре и показатели cvAUC (cross-validated area under curve; средняя площадь под кривой, полученная на всех этапах кросс-валидации), чувствительности, специфичности и точности для каждого типа выживаемости и молекулярного подтипа РМЖ
Таблица 4. Результаты многофакторной регрессии Кокса для лучших сигнатур и клинико-патологических характеристик. HR — hazard ratio (показатель относительного риска), P — отвечает за p-val
