Изучение механизма прорезывания зубов является важным и перспективным направлением ввиду увеличения частоты случаев возникновения болезней, связанных с нарушением или затрудненным прорезыванием, которые могут приводить к гнойно-септическим осложнениям. Целью исследования было изучить вариабельность и структурные особенности минерального компонента и органического матрикса в твердых тканях нижних третьих моляров, находящихся на разных стадиях прорезывания. У участников исследования (n = 67; женщины, возраст от 14 до 36 лет) проводили микроскопическое и биохимическое исследование эмали, дентина и эмалево-дентинного соединения нижних третьих моляров методами растровой электронной микроскопии и ИК-Фурье-спектроскопии. Продемонстрирована связь стадии прорезывания со структурными особенностями твердых тканей: уровнем минерализации и размерами дентинных канальцев, ориентацией и размерами эмалевых призм. Содержание воды в твердых тканях нижних третьих моляров значимо различается, что характеризуют обменные процессы и скорость созревания (p < 0,05). По данным ИК-спектроскопии интенсивность полос поглощения коллагена с возрастом в эмали увеличивается, а в дентине уменьшается (1202, 1249 и 1342 см^–1), при этом сочетание снижения интенсивности полосы 1202 см^–1 с увеличением полосы 1342 см^–1 у эмалево-дентинного соединения подтверждает его важную роль связующего звена между эмалью и дентином за счет обменной, амортизирующей, защитной, питательной функций. Полученные данные указывают на значительные изменения упаковки и ориентации коллагеновых фибрилл и волокон в твердых тканях, что влияет на первичную пространственную ориентацию и топографическое расположение зубов в нижней челюсти.