2024 / 05

DOI: 10.24075/vrgmu.2024.040

МЕТОД

Разработка кастомных баркодов для секвенирования на платформе MGI

А. О. Шмитко, И. А. Булушева, Ю. А. Василиадис, О. Н. Сучалко, Д. С. Сырко, В. А. Белова, А. С. Павлова, Д. О. Коростин
Информация об авторах

Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва

Для корреспонденции: Анна Олеговна Шмитко
ул. Островитянова, д. 1, c. 1, г. Москва, 117997, Россия; moc.liamg@79imhsanna

Информация о статье

Финансирование: соглашение о предоставлении из федерального бюджета грантов в форме субсидий в соответствии с пунктом 4 статьи 78.1 Бюджетного кодекса Российской Федерации на осуществление государственной поддержки создания и развития центра геномных исследований мирового уровня «Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины» No 075-15-2019-1789 от 22.11.2019.

Вклад авторов: А. О. Шмитко — планирование исследования, сбор данных, подготовка рукописи; И. А. Булушева — методология, анализ данных, подготовка рукописи; Ю. А. Василиадис, О. Н. Сучалко, Д. С. Сырко — анализ данных, программное обеспечение, визуализация; В. А. Белова — планирование исследования, рецензирование и редактирование рукописи; А. С. Павлова — курация данных, анализ данных, программное обеспечение; Д. О. Коростин — концептуализация, супервизия, методология, рецензирование и редактирование рукописи.

Статья получена: 15.08.2024 Статья принята к печати: 17.09.2024 Опубликовано online: 10.10.2024
|
  1. Jeon SA, Park JL, Park SJ, Kim JH, Goh SH, Han JY, et al. Comparison between MGI and Illumina sequencing platforms for whole genome sequencing. Genes Genomics. 2021; 43: 713–24. DOI: 10.1007/s13258-021-01096-x.
  2. Kim HM, Jeon S, Chung O, Jun JH, Kim HS, Blazyte A, et al. Comparative analysis of 7 short-read sequencing platforms using the Korean Reference Genome: MGI and Illumina sequencing benchmark for whole-genome sequencing. Gigascience. 2021; 10. DOI: 10.1093/gigascience/giab014.
  3. Xu Y, Lin Z, Tang C, Tang Y, Cai Y, Zhong H, et al. A new massively parallel nanoball sequencing platform for whole exome research. BMC Bioinformatics. 2019; 20. DOI: 10.1186/s12859-019-2751-3.
  4. Drmanac R, Sparks AB, Callow MJ, Halpern AL, Burns NL, Kermani BG, et al. Human genome sequencing using unchained base reads on self-assembling DNA nanoarrays. Science (1979). 2010; 327: 78–81. DOI: 10.1126/science.1181498.
  5. Fadrosh DW, Ma B, Gajer P, Sengamalay N, Ott S, Brotman RM, et al. An improved dual-indexing approach for multiplexed 16S rRNA gene sequencing on the Illumina MiSeq platform. 2014. Available from: http://www.microbiomejournal.com/content/2/1/6.
  6. Baym M, Kryazhimskiy S, Lieberman TD, Chung H, Desai MM, Kishony RK. Inexpensive multiplexed library preparation for megabase-sized genomes. PLoS One. 2015; 10. DOI: 10.1371/journal.pone.0128036.
  7. Kozich JJ, Westcott SL, Baxter NT, Highlander SK, Schloss PD. Development of a dual-index sequencing strategy and curation pipeline for analyzing amplicon sequence data on the miseq illumina sequencing platform. Appl Environ Microbiol. 2013; 79: 5112–20. DOI: 10.1128/AEM.01043-13.
  8. Bulusheva I, Belova V, Nikashin B, Korostin D. BC-store: A program for MGISEQ barcode sets analysis. PLoS One. 2021; 16. DOI: 10.1371/journal.pone.0247532.
  9. Faircloth BC, Glenn TC. Not all sequence tags are created equal: Designing and validating sequence identification tags robust to indels. PLoS One. 2012; 7. DOI: 10.1371/journal.pone.0042543.
  10. Trébeau C, De Monvel JB, Tai FWJ, Petit C, Etournay R. DNA Barcode Compatibility: An R-package for optimizing DNA-barcode combinations in multiplex sequencing experiments. Bioinformatics. 2019; 35: 2690–1. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty1030.
  11. Varet H, Coppée JY. CheckMyIndex: A web-based R/ Shiny interface for choosing compatible sequencing indexes. Bioinformatics. 2019; 35: 901–2. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty706.
  12. Oligos and primers for BGISEQ/DNBSEQ/MGISEQ - MGI Tech. Available from: https://en.mgitech.cn/Download/download_file/id/71.
  13. SureSelectXT HS Target Enrichment System For Illumina Multiplexed Sequencing Platforms, Version D1, July 2021. Available from: https://www.agilent.com/cs/library/usermanuals/public/G7530-90000.pdf.
  14. Li Q, Zhao X, Zhang W, Wang L, Wang J, Xu D, et al. Reliable multiplex sequencing with rare index mis-assignment on DNB-based NGS platform. BMC Genomics. 2019; 20. DOI: 10.1186/s12864-019-5569-5.