2024 / 05

Следующая статья
DOI: 10.24075/vrgmu.2024.040
Авторские права: © 2024 принадлежат авторам. Лицензиат: РНИМУ им. Н.И. Пирогова.
Статья размещена в открытом доступе и распространяется на условиях лицензии Creative Commons Attribution (CC BY).

МЕТОД

Разработка кастомных баркодов для секвенирования на платформе MGI

А. О. Шмитко , И. А. Булушева , Ю. А. Василиадис , О. Н. Сучалко , Д. С. Сырко , В. А. Белова , А. С. Павлова , Д. О. Коростин
Информация об авторах

Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва

Для корреспонденции: Анна Олеговна Шмитко
ул. Островитянова, д. 1, c. 1, г. Москва, 117997, Россия; moc.liamg@79imhsanna

Информация о статье

Финансирование: соглашение о предоставлении из федерального бюджета грантов в форме субсидий в соответствии с пунктом 4 статьи 78.1 Бюджетного кодекса Российской Федерации на осуществление государственной поддержки создания и развития центра геномных исследований мирового уровня «Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины» No 075-15-2019-1789 от 22.11.2019.

Вклад авторов: А. О. Шмитко — планирование исследования, сбор данных, подготовка рукописи; И. А. Булушева — методология, анализ данных, подготовка рукописи; Ю. А. Василиадис, О. Н. Сучалко, Д. С. Сырко — анализ данных, программное обеспечение, визуализация; В. А. Белова — планирование исследования, рецензирование и редактирование рукописи; А. С. Павлова — курация данных, анализ данных, программное обеспечение; Д. О. Коростин — концептуализация, супервизия, методология, рецензирование и редактирование рукописи.

Статья получена: 15.08.2024 Статья принята к печати: 17.09.2024 Опубликовано online: 10.10.2024
|
  1. Jeon SA, Park JL, Park SJ, Kim JH, Goh SH, Han JY, et al. Comparison between MGI and Illumina sequencing platforms for whole genome sequencing. Genes Genomics. 2021; 43: 713–24. DOI: 10.1007/s13258-021-01096-x.
  2. Kim HM, Jeon S, Chung O, Jun JH, Kim HS, Blazyte A, et al. Comparative analysis of 7 short-read sequencing platforms using the Korean Reference Genome: MGI and Illumina sequencing benchmark for whole-genome sequencing. Gigascience. 2021; 10. DOI: 10.1093/gigascience/giab014.
  3. Xu Y, Lin Z, Tang C, Tang Y, Cai Y, Zhong H, et al. A new massively parallel nanoball sequencing platform for whole exome research. BMC Bioinformatics. 2019; 20. DOI: 10.1186/s12859-019-2751-3.
  4. Drmanac R, Sparks AB, Callow MJ, Halpern AL, Burns NL, Kermani BG, et al. Human genome sequencing using unchained base reads on self-assembling DNA nanoarrays. Science (1979). 2010; 327: 78–81. DOI: 10.1126/science.1181498.
  5. Fadrosh DW, Ma B, Gajer P, Sengamalay N, Ott S, Brotman RM, et al. An improved dual-indexing approach for multiplexed 16S rRNA gene sequencing on the Illumina MiSeq platform. 2014. Available from: http://www.microbiomejournal.com/content/2/1/6.
  6. Baym M, Kryazhimskiy S, Lieberman TD, Chung H, Desai MM, Kishony RK. Inexpensive multiplexed library preparation for megabase-sized genomes. PLoS One. 2015; 10. DOI: 10.1371/journal.pone.0128036.
  7. Kozich JJ, Westcott SL, Baxter NT, Highlander SK, Schloss PD. Development of a dual-index sequencing strategy and curation pipeline for analyzing amplicon sequence data on the miseq illumina sequencing platform. Appl Environ Microbiol. 2013; 79: 5112–20. DOI: 10.1128/AEM.01043-13.
  8. Bulusheva I, Belova V, Nikashin B, Korostin D. BC-store: A program for MGISEQ barcode sets analysis. PLoS One. 2021; 16. DOI: 10.1371/journal.pone.0247532.
  9. Faircloth BC, Glenn TC. Not all sequence tags are created equal: Designing and validating sequence identification tags robust to indels. PLoS One. 2012; 7. DOI: 10.1371/journal.pone.0042543.
  10. Trébeau C, De Monvel JB, Tai FWJ, Petit C, Etournay R. DNA Barcode Compatibility: An R-package for optimizing DNA-barcode combinations in multiplex sequencing experiments. Bioinformatics. 2019; 35: 2690–1. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty1030.
  11. Varet H, Coppée JY. CheckMyIndex: A web-based R/ Shiny interface for choosing compatible sequencing indexes. Bioinformatics. 2019; 35: 901–2. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty706.
  12. Oligos and primers for BGISEQ/DNBSEQ/MGISEQ - MGI Tech. Available from: https://en.mgitech.cn/Download/download_file/id/71.
  13. SureSelectXT HS Target Enrichment System For Illumina Multiplexed Sequencing Platforms, Version D1, July 2021. Available from: https://www.agilent.com/cs/library/usermanuals/public/G7530-90000.pdf.
  14. Li Q, Zhao X, Zhang W, Wang L, Wang J, Xu D, et al. Reliable multiplex sequencing with rare index mis-assignment on DNB-based NGS platform. BMC Genomics. 2019; 20. DOI: 10.1186/s12864-019-5569-5.