МЕТОД
Разработка кастомных баркодов для секвенирования на платформе MGI
Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н. И. Пирогова, Москва
Для корреспонденции: Анна Олеговна Шмитко
ул. Островитянова, д. 1, c. 1, г. Москва, 117997, Россия; moc.liamg@79imhsanna
Финансирование: соглашение о предоставлении из федерального бюджета грантов в форме субсидий в соответствии с пунктом 4 статьи 78.1 Бюджетного кодекса Российской Федерации на осуществление государственной поддержки создания и развития центра геномных исследований мирового уровня «Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины» No 075-15-2019-1789 от 22.11.2019.
Вклад авторов: А. О. Шмитко — планирование исследования, сбор данных, подготовка рукописи; И. А. Булушева — методология, анализ данных, подготовка рукописи; Ю. А. Василиадис, О. Н. Сучалко, Д. С. Сырко — анализ данных, программное обеспечение, визуализация; В. А. Белова — планирование исследования, рецензирование и редактирование рукописи; А. С. Павлова — курация данных, анализ данных, программное обеспечение; Д. О. Коростин — концептуализация, супервизия, методология, рецензирование и редактирование рукописи.
Платформа секвенирования следующего поколения MGI (MGI Tech Co. Ltd., Китай), включающая секвенаторы DNBSEQ-G50, -G400 и -T7, активно внедряется в научные исследования. Однако сохраняются ограничения, связанные с использованием стандартных баркодов, в частности, на количество одновременно секвенируемых образцов и на соотношение их количества, а также присутствует проблема совместимости баркодов из разных или неполных сетов. Целью работы было разработать универсальный метод, позволяющий секвенировать до 252 образцов одновременно на одной дорожке секвенатора, с устранением ограничений, связанных с баркодами. Мы предложили «метод четверок», обеспечивающий уравновешивание баркодов по принципу 4 или 4n+2. Проведена проверка метода на соответствие требованиям к баркодам для секвенирования, а также валидация метода на платформе DNBSEQ G-400. Метод четверок показал эффективность и надежность, позволяет секвенировать до 252 образцов одновременно без снижения качества данных, он оптимизирует процесс подготовки библиотек и повышает гибкость секвенирования на платформе MGI.
Ключевые слова: NGS, кастомные баркоды, кастомные индексы, кастомные адаптеры, DNBSEQ, MGI, BGI