Ханты и манси — коренные малочисленные народы Западной Сибири с уникальными культурными, антропологическими и лингвистическими особенностями. Изучение их генофонда позволяет реконструировать генетическую структуру населения, говорившего на угорских языках, от которого в современности сохранились только ханты, манси, а также венгры, в чьем генофонде присутствуют следы средневековой миграции угроязычных мадьяр. Детальная характеристика генофонда хантов и манси важна для реконструкции угорских популяций и генетической истории региона. Целью исследования было изучить репрезентативные выборки хантов (n = 83) и манси (n = 74) на основе базовой панели из 60 SNP-маркеров и углубленной панели 74 SNPмаркеров Y-хромосомы статистическими и картографическими методами в контексте коренного народонаселения Урала и Западной Сибири. Выявлены различия генофондов хантов и манси и по базовой панели гаплогрупп Y-хромосомы, и по ветвям гаплогрупп N2 и N3a4. Основная часть генофонда хантов равномерно распределена между N2-Y3195 (26%), N2-VL67 (23%) и N3a4-Z1936 (23%). В генофонде манси резко преобладает «западная» ветвь N2-Y3195 (69%). В многомерном генетическом пространстве манси тяготеют к популяциям Урало-Поволжья. Ханты по базовой панели Y-гаплогрупп сближаются с популяциями Западной и Южной Сибири. Анализ ветвей N3a4 показал, что ханты занимают промежуточное положение между «уральским» и «сибирским» кластерами: при движении предков хантов из Приуралья на северо-восток они включили оба генетических компонента. Геногеографические карты 10 ветвей гаплогруппы N3a4 в популяциях Урала и Западной Сибири отражают динамику генофонда в период от 4 до 2 тыс. лет назад.